Outil automatisé dédié à l'assemblage et à l'analyse de génomes viraux à partir de données de séquençage haut débit. Il permet de nettoyer les lectures, d'effectuer des assemblages en plusieurs rounds, d'appeler les variants génétiques et de générer des statistiques d'assemblage. Utilisé principalement dans le cadre de recherches virologiques et épidémiologiques.

Plateforme dédiée à l'analyse et à la visualisation des interactions entre virus et hôtes. Elle permet aux chercheurs et épidémiologistes de consulter, filtrer et analyser des données virologiques complexes. L'outil facilite la compréhension des dynamiques de transmission et des spectres d'hôtes, essentiel pour la recherche en santé publique et en virologie.

Ce projet académique vise à concevoir un entrepôt de données pour analyser l'épidémie de COVID-19 en France. Il intègre des données hospitalières, vaccinales et de tests virologiques provenant de sources publiques. L'objectif est de permettre des analyses OLAP pour étudier l'évolution de l'épidémie, identifier des tendances et produire des indicateurs clés par département et région.

Projet dédié à la traduction et au regroupement de séquences nucléiques de la base de données RVDB. Il permet d'analyser et de structurer des données génomiques virales pour faciliter la recherche en virologie. Les outils développés automatisent des pipelines complexes pour traiter des versions successives de la base RVDB, en intégrant des métadonnées et des références taxonomiques.

Virus Pop est un outil conçu pour générer des séquences protéiques virales réalistes à partir d'un groupe taxonomique spécifié en entrée. Il permet aux chercheurs en virologie de créer des jeux de données simulés pour étudier l'évolution des virus, valider des méthodes d'analyse ou visualiser des arbres phylogénétiques. L'outil facilite la modélisation de scénarios évolutifs et l'exploration de données génomiques sans nécessiter de séquences réelles.