Outil dédié à la simplification et à l'analyse des données de séquençage génomique. Il permet de réduire les reads d'un fichier BAM à leur extrémité 5' pour faciliter leur traitement et leur interprétation. Utilisé principalement dans les pipelines d'analyse bioinformatique, il optimise la gestion des données massives issues des technologies de séquençage haut débit.

Outil permettant d'identifier et de valider automatiquement les formats de fichiers utilisés en bioinformatique et génomique. Il analyse des fichiers comme FASTA, GFF3, BED, VCF ou BAM pour en déterminer la structure, détecter les erreurs et fournir des métadonnées essentielles à leur exploitation. Utilisé par les chercheurs et laboratoires pour garantir l'intégrité et la compatibilité des données avant analyse.

CRAW (Counter RNAseq Window) est un outil bioinformatique conçu pour calculer et visualiser la couverture des expériences de séquençage ARN. Il permet d'analyser des données génomiques à partir de fichiers BAM ou WIG, en générant des rapports détaillés et des visualisations graphiques. L'outil facilite l'interprétation des données de séquençage en fournissant des métriques de couverture position par position, adaptées aux besoins de la recherche en biologie moléculaire et génomique.

Libbamutils est une bibliothèque logicielle conçue pour faciliter la manipulation et l'analyse des fichiers BAM, un format standard en bioinformatique pour stocker des données de séquençage génomique. Elle propose des utilitaires pour traiter, convertir et optimiser ces fichiers, permettant aux chercheurs et aux laboratoires de gagner du temps dans leurs analyses génomiques. Ce projet s'inscrit dans le domaine de la génomique et de la biologie computationnelle.

Libhts est une bibliothèque Python et un ensemble d'outils dédiés au traitement et à l'analyse de données issues du séquençage haut débit. Elle permet aux chercheurs et bioinformaticiens de manipuler, convertir et visualiser des données génomiques complexes comme les fichiers BAM ou BigWig. L'outil facilite l'extraction de régions spécifiques, la génération de visualisations graphiques et l'automatisation de workflows pour des analyses génomiques avancées.