Gfatools est un ensemble d'outils dédiés à la manipulation de graphes de séquences au format GFA ou rGFA. Il permet de parser ces fichiers, d'extraire des sous-graphes et de convertir les données vers des formats comme FASTA ou BED. Ces fonctionnalités facilitent l'analyse et le traitement des données génomiques pour les chercheurs et bioinformaticiens.

Ce projet permet d'extraire et d'analyser des données génomiques à partir de graphes de pangenome (GFA). Il facilite l'identification des nœuds spécifiques à des haplotypes, la génération de matrices de présence/absence, et la conversion de formats pour des analyses comparatives. Les outils intégrés permettent de manipuler des régions génomiques ciblées et de produire des fichiers VCF pour étudier les variations entre individus ou populations.

Panacus est un outil dédié à l'analyse statistique de fichiers GFA, principalement utilisés en génomique pour représenter des graphes de pangenomes. Il permet de calculer des histogrammes de couverture, des statistiques de croissance du pangénome et des tableaux de couverture résolus par groupe ou par chemin. Son utilisation est particulièrement adaptée aux graphes non chevauchants où les liens entre segments sont bien définis.