DiphtOscan est un outil en ligne de commande écrit en Python, permettant d'analyser des assemblages génomiques de Corynebacterium diphtheriae et d'autres espèces du complexe Corynebacterium diphtheriae species complex (CdSC). Il permet de rechercher des espèces, des gènes associés aux biovars, des facteurs de virulence, des déterminants de résistance aux antimicrobiens, des intégrons et de construire des arbres phylogénétiques.