Ce projet vise à analyser et à comprendre la diversité et l'activité des communautés microbiennes marines à partir de l'étude de génomes bactériens et archéens. Il comprend la reconstruction de réseaux métaboliques, l'étude de la diversité et de l'activité des communautés, ainsi que la modélisation de l'impact des facteurs biotiques sur la structure de ces communautés.

Ce projet vise à analyser des séquences génomiques de micro-organismes à l'aide de méthodes de métabarcoding haute fidélité. Il permet d'identifier les taxons bactériens présents dans un échantillon et d'étudier la diversité microbienne. Le projet est basé sur l'utilisation de l'outil FROGS et de méthodes d'analyse statistique.

Outil dédié à l'annotation fonctionnelle des génomes microbiens et eucaryotes. Il permet d'identifier et de classifier les gènes, de prédire leurs fonctions et de reconstruire les réseaux métaboliques. Utilisé par les chercheurs en génomique et en biologie des systèmes pour accélérer l'analyse des données génomiques et faciliter la compréhension des mécanismes biologiques sous-jacents.

Outil bioinformatique conçu pour analyser de grandes quantités de génomes microbiens. Il automatise l'exécution de Growthpred, un logiciel de prédiction du temps de génération minimum et de la température de croissance optimale des micro-organismes. Le pipeline Snakemake génère des fichiers de résultats structurés au format CSV, facilitant l'interprétation des données génomiques pour la recherche en écologie microbienne et métagénomique.

Magasp est un outil dédié à la reconstruction de MAGs (Metagenome-Assembled Genomes) à partir de données métagénomiques. Il permet d'analyser les distances entre contigs, de prédire les gènes marqueurs et de traiter des matrices d'abondance et de TNF (TetraNucleotide Frequency). Utilisé principalement en recherche académique, il facilite l'assemblage et l'interprétation de génomes issus de communautés microbiennes complexes.

BIOCOM-PIPE est une pipeline d'analyse de métagénomique conçue pour caractériser les communautés microbiennes et étudier la diversité microbienne dans différents écosystèmes. Elle permet la reconstruction de génomes bactériens et fournit une analyse approfondie des données de séquençage.

Le projet EcoSysMic vise à étudier la diversité microbienne dans les communautés bactérioplanctoniques marines. Il utilise une série de référentiels pour la reconstruction de génomes, l'annotation de gènes, la reconstruction de voies métaboliques et l'analyse de la corrélation entre les organismes. Les résultats sont présentés dans une analyse globale avec des figures et des tableaux.

BCFtools est un ensemble d'outils spécialisés dans la manipulation et l'analyse des variants génétiques stockés au format VCF (Variant Call Format) ou BCF (Binary Call Format). Il permet aux chercheurs et bioinformaticiens de traiter, filtrer, comparer et extraire des données génomiques pour des études variées, allant de la génétique humaine à l'écologie microbienne. Ce projet facilite l'interprétation des variations génétiques et contribue à des avancées en médecine personnalisée et en biologie évolutive.

Le projet omnicrobe-database vise à gérer et intégrer des données microbiennes, en particulier les données de séquençage. Il offre des fonctionnalités d'analyse de données génomiques et permet de stocker et organiser les données dans une base de données relationnelle.

Le projet omnicrobe-database vise à gérer et intégrer des données microbiennes, en particulier les données de séquençage. Il offre des fonctionnalités d'analyse de données génomiques et permet de stocker et organiser les données dans une base de données relationnelle.