Caulifinder est un outil permettant de découvrir des séquences de Caulimoviridae dans les génomes végétaux. Il est composé de deux branches avec des objectifs complémentaires : la branche A construit des séquences consensus des Caulimoviridae endogènes et la branche B produit une analyse phylogénétique des gènes marqueurs.

Le projet specifics_ortho_kb est un pipeline Nextflow permettant de créer des fichiers pour une base de données Neo4j à partir de données génomiques de différentes espèces végétales. Il permet d'analyser les génomes, de créer des graphes de données génomiques, d'annoter les gènes et les protéines, et de détecter des familles de gènes et des orthologues.