Rsamtools_graph est un projet dédié à l'analyse et la visualisation de données génomiques. Il permet d'étudier les interactions entre gènes et de détecter des variations structurales dans les génomes.

Outil spécialisé dans la conversion de fichiers OBO (Ontology-Based Objects) au format JSON pour faciliter leur visualisation sous forme de graphes. Il permet d'extraire des sous-ensembles d'ontologies selon des critères spécifiques, comme des noms d'espaces de noms, et s'intègre facilement avec des outils dédiés à l'analyse de données biologiques ou génomiques.

Outil dédié à l'analyse génomique utilisant des graphes de variations pour le génotypage et le mappage de données génétiques. Permet de représenter et manipuler des structures de données complexes issues de séquençage haut débit. Utilisé principalement en recherche biomédicale et en génétique des populations pour étudier les variations génétiques et leurs impacts.

KisSplice est un outil permettant l'analyse de données de séquençage à haut débit d'ADN. Il permet la reconstruction de génomes à partir de données de séquençage et la détection de variants structuraux dans des génomes. Il est basé sur l'algorithme de recherche d'isomères de sous-graphes et permet une analyse efficace et précise des données de séquençage.

Panacus est un outil dédié à l'analyse statistique de fichiers GFA, principalement utilisés en génomique pour représenter des graphes de pangenomes. Il permet de calculer des histogrammes de couverture, des statistiques de croissance du pangénome et des tableaux de couverture résolus par groupe ou par chemin. Son utilisation est particulièrement adaptée aux graphes non chevauchants où les liens entre segments sont bien définis.

GrAnnot est un outil dédié à l'annotation de graphes génomiques, permettant d'ajouter des annotations (gènes, éléments transposables) directement sur des graphes représentant des pangenomes. Il facilite le transfert d'annotations entre différents génomes et génère des matrices de présence/absence pour analyser la distribution des gènes au sein d'une espèce ou entre espèces apparentées. Utilisé principalement en génomique comparative, il aide les chercheurs à comprendre l'organisation et l'évolution des génomes.

Outil dédié à l'analyse comparative de graphes génomiques issus de différentes méthodes (MiniGraph-Cactus, PGGB). Il permet d'évaluer la conservation des régions génomiques, d'identifier des variations structurales et de générer des métriques pour des études en génomique comparative. Les résultats sont utilisés pour des recherches en biologie évolutive et en génétique des populations.

Le projet specifics_ortho_kb est un pipeline Nextflow permettant de créer des fichiers pour une base de données Neo4j à partir de données génomiques de différentes espèces végétales. Il permet d'analyser les génomes, de créer des graphes de données génomiques, d'annoter les gènes et les protéines, et de détecter des familles de gènes et des orthologues.

Ce projet propose des outils et pipelines pour extraire et ordonner des barcodes à partir de données de lectures liées (linked reads). Il permet de simuler des graphes moléculaires, de transformer des graphes de barcodes en graphes de cliques locales (LCP), et d'évaluer la qualité des chemins reconstruits pour retrouver l'ordre des molécules. Destiné à la recherche en bioinformatique, il facilite l'analyse de séquences génomiques complexes.

GFAffix est un outil bioinformatique conçu pour identifier et réduire les affixes partagés préservant les parcours dans les graphes de variation. Il optimise les données génomiques en supprimant les redondances tout en conservant l'intégrité des informations. Utilisé dans le domaine de la génomique comparative, il facilite l'analyse des séquences et améliore l'efficacité des pipelines bioinformatiques. Développé dans un cadre académique, il s'intègre aux workflows de recherche en génomique.