Ce projet vise à analyser et à comprendre la diversité et l'activité des communautés microbiennes marines à partir de l'étude de génomes bactériens et archéens. Il comprend la reconstruction de réseaux métaboliques, l'étude de la diversité et de l'activité des communautés, ainsi que la modélisation de l'impact des facteurs biotiques sur la structure de ces communautés.

Projet dédié à la création et à l'analyse de communautés microbiennes simulées pour évaluer des outils de classification taxonomique comme Kraken2. Permet de générer des jeux de données contrôlés afin de tester la précision et la robustesse des pipelines d'analyse métagénomique.

Plateforme dédiée à la gestion, l'analyse et la visualisation de données issues de recherches en écologie microbienne. Elle permet aux chercheurs de stocker, organiser et exploiter des jeux de données complexes pour en extraire des insights scientifiques. L'outil facilite la collaboration entre équipes et la diffusion des résultats auprès de la communauté académique.

MBMA est un outil d'analyse métagénomique basé sur la cartographie pour identifier et quantifier les espèces microbiennes, les souches et les gènes de résistance dans des échantillons environnementaux ou cliniques. Il combine une base de données discriminante, une méthode de comptage avancée et un appel de variants pour réduire les faux positifs et améliorer la précision des résultats. Adaptable à différents types de données, il permet une analyse fine des communautés microbiennes.

ANOMALY est un workflow R simple et personnalisable pour l'analyse de communautés microbiennes. Il utilise le niveau ASV pour la caractérisation des communautés et intègre toutes les ressources des méthodes actuelles telles que le suivi des séquences, la décontamination, l'annotation taxonomique fusionnée, les tests statistiques et l'analyse différentielle croisée validée.

Moonbase est un workflow Snakemake conçu pour générer des bases de données Kraken2 personnalisées à partir de résultats MetaPhlAn4. Il permet aux chercheurs en microbiologie de créer des bases de données adaptées à leurs échantillons, améliorant ainsi la précision des analyses taxonomiques. Le projet automatise l'intégration des séquences pertinentes et génère des profils taxonomiques détaillés pour faciliter l'étude des communautés microbiennes.

Projet dédié à l'analyse et à la simulation de communautés microbiennes via des méthodes de clustering et d'optimisation métabolique. Il permet d'étudier les interactions entre espèces bactériennes, de tester des scénarios de croissance et de comparer des modèles pour valider des approches computationnelles en biologie systémique.

BIOCOM-PIPE est une pipeline d'analyse de métagénomique conçue pour caractériser les communautés microbiennes et étudier la diversité microbienne dans différents écosystèmes. Elle permet la reconstruction de génomes bactériens et fournit une analyse approfondie des données de séquençage.

Magasp est un outil dédié à la reconstruction de MAGs (Metagenome-Assembled Genomes) à partir de données métagénomiques. Il permet d'analyser les distances entre contigs, de prédire les gènes marqueurs et de traiter des matrices d'abondance et de TNF (TetraNucleotide Frequency). Utilisé principalement en recherche académique, il facilite l'assemblage et l'interprétation de génomes issus de communautés microbiennes complexes.

Ce projet vise à comparer sept plateformes de séquençage, couvrant les technologies de deuxième génération à lecture courte (Illumina Hiseq300, DNBSEQ-G400, DNBSEQ-T7, Ion S5 et Ion Proton P1) et de troisième génération à lecture longue (Oxford Nanopore Technologies MinION et Pacific Biosciences PacBio). Trois communautés microbiennes synthétiques composées de jusqu'à 87 espèces microbiennes par mock et couvrant 29 phyla ont été utilisées pour l'évaluation. Les outils tels que fastp, AlienTrimmer, bowtie2, minimap2, SPAdes, metaFlye, metaquast et Python3 ont été utilisés pour le traitement et l'analyse des données.