CHaMP est une application RShiny qui charge une liste de masses de composés à partir d'une analyse de twin-peaks et construit un réseau de différences de masse à partir duquel est extrait le composant connexe contenant une masse d'intérêt. Il fournit une visualisation de réseau de la sous-réseau qui englobe les réactions métaboliques et spontanées potentielles qui mènent aux produits de dégradation/métabolisation.

MOMO est un logiciel dédié à l'optimisation de flux métaboliques dans des réseaux biologiques. Il permet d'analyser la robustesse de souches microbiennes et de prédire la production de composés d'intérêt dans des organismes vivants.