BioAutoMATED est une plateforme d'apprentissage automatique (AutoML) dédiée à l'analyse de séquences biologiques. Elle intègre plusieurs méthodes AutoML dans un cadre unifié, offrant aux utilisateurs des techniques pertinentes pour l'analyse, l'interprétation et la conception de séquences biologiques. BioAutoMATED permet de prédire la régulation des gènes, les interactions peptide-médicament et l'annotation des glycanes avec une performance comparable à celle de modèles manuellement ajustés, mettant en évidence les caractéristiques séquentielles saillantes. En automatisant la modélisation des séquences, BioAutoMATED permet aux scientifiques de la vie de plus facilement intégrer l'apprentissage machine dans leur travail.

Le projet IlluminaMetabarcodingPipeline est conçu pour traiter des séquences issues de séquençage à très haut débit Illumina MySeq et en découvrir des modèles, permettant ainsi l'analyse de ces séquences et l'identification des espèces biologiques associées. Il est utilisé dans le domaine de la recherche en biodiversité.

DiCoExpress est un espace de travail développé en R destiné aux scientifiques, sans expertise en statistiques, mais connaissant R, pour l'analyse de jeux de données RNA-seq. DiCoExpress effectue des contrôles de qualité, propose des analyses de modèles linéaires généralisés (GLM) avec une écriture automatisée des contrastes, permettant à l'utilisateur de répondre à plusieurs questions biologiques. Enfin, DiCoExpress réalise une analyse de co-expression à l'aide de modèles de mélange.

Le projet SMS (Smart Model Selection) est un outil dédié à la sélection de modèles pour la phylogénétique. Il permet d'analyser des données biologiques et de construire des arbres phylogénétiques en utilisant des méthodes avancées. Ce projet est le fruit du travail de Vincent Lefort, Jean-Emmanuel Longueville et Olivier Gascuel de l'Institut de Biologie Computationnelle du LIRMM (CNRS - Université de Montpellier).

Le projet scaff10x vise à fournir des outils pour le développement et la documentation de recherches en biologie. Il permet la génération de modèles 3D, l'analyse de données génomiques à grande échelle et l'intégration de données multi-omiques pour une meilleure compréhension des systèmes biologiques.

CADBIOM est un logiciel open source de modélisation permettant de donner un cadre formel à la modélisation de systèmes biologiques tels que les réseaux de signalisation cellulaire. Il est basé sur la sémantique des transitions surveillées et offre une interface graphique pour faciliter la conception et l'analyse de ces modèles.

Mosaic est un projet dédié à la simulation et l'analyse de la morphogenèse dans un environnement silico. Il permet de créer des modèles et des simulations de processus biologiques complexes.

SnakeMETANA est un projet qui exécute le pipeline SMETANA sur une liste de communautés et de modèles SBML. Il a besoin d'un solveur tel que CPLEX ou gurobi pour fonctionner. Le projet permet l'optimisation de modèles biologiques, l'analyse de réseaux de gènes et la simulation de scénarios biologiques.

Dépôt de code source pour les tutoriels Jupyter de l'Institut Pasteur. Il s'agit d'une collection de notebooks Python permettant de découvrir et d'approfondir des concepts de programmation, d'analyser et de visualiser des données, ainsi que de modéliser des données biologiques.

RLA est un projet dédié à l'analyse de données biologiques marines et à la modélisation statistique de la dynamique des populations. Il vise à évaluer l'impact des activités humaines sur la biodiversité marine en utilisant des méthodes avancées de modélisation statistique.