Ce projet vise à analyser la variabilité des voies métaboliques dans les réseaux métaboliques spécifiques aux contextes. Le script principal, main.py, contient un exemple d'analyse de variabilité de voies métaboliques utilisant le modèle Zebrafish1.

MetExplore Database est une base de données relationnelle dédiée à l'exploration des réseaux métaboliques. Elle stocke des modèles biologiques, des références de bases de données et des contextes publics pour les métabolites et réactions. Utilisée principalement par des chercheurs et développeurs en bioinformatique, elle permet de tester et valider des outils d'analyse métabolomique dans un environnement contrôlé.

TANGO est un outil de modélisation numérique conçu pour analyser et simuler les fermentations bactériennes dans la production fromagère. Il permet de réconcilier des données multi-omiques avec des réseaux métaboliques de trois espèces bactériennes clés : *P. freudenreichii*, *L. lactis* et *L. plantarum*. Le projet facilite l'optimisation des paramètres de fermentation et la compréhension des mécanismes d'interaction entre les bactéries, contribuant ainsi à améliorer les processus de fabrication des fromages.

MANA est un outil d'analyse et de modélisation dédié à l'identification assistée des mécanismes d'action métabolique. Il permet de construire des modèles de réseaux métaboliques spécifiques à partir de données d'expression génique, d'identifier les réactions métaboliques différentiellement activées, et d'extraire des sous-réseaux minimaux représentatifs des mécanismes d'action de composés chimiques. L'outil facilite la compréhension des effets métaboliques induits par des expositions chimiques.

Outil dédié à l'analyse des réseaux métaboliques pour déterminer les niches métaboliques d'organismes biologiques. Il permet de calculer des volumes de niche, d'optimiser des flux métaboliques et d'extraire des données structurées à partir de modèles SBML. Utilisé principalement en bioinformatique et biologie systémique pour étudier les capacités métaboliques des cellules ou organismes.

Ce projet fournit des modèles cellulaires spécifiques générés dans le cadre du projet GOLIATH. Il inclut des modèles pour les adipocytes, les hépatocytes et les cellules pancréatiques, ainsi qu'un modèle humain de base. Ces modèles, au format SBML, permettent d'étudier les réseaux métaboliques et d'analyser les réactions biochimiques à l'échelle cellulaire. Ils sont utilisés pour la recherche en biologie systémique et la simulation de processus biologiques.

Ce projet automatise la récupération, la transformation et l'intégration de données biochimiques issues de bases de données spécialisées (comme KEGG ou BRENDA). Il permet de convertir des fichiers de données métaboliques, enzymatiques ou réactionnelles entre différents formats (ODS, TXT, SBML) et d'enrichir des modèles de voies métaboliques avec des informations thermodynamiques et cinétiques. Les outils développés facilitent l'analyse des réactions biochimiques et l'étude des enzymes pour la recherche en biologie systémique.

MEDUSA est une classe SAGE dédiée au calcul de la capacitance des réseaux métaboliques. Elle permet d'analyser et d'optimiser des modèles métaboliques en utilisant différents solveurs comme CPLEX, GUROBI ou GLPK. L'outil facilite l'intégration dans des environnements de calcul scientifique pour des applications en biologie systémique et en bioinformatique.

Rbioacc est une bibliothèque R dédiée à l'inférence et à la prédiction de modèles toxicocinétiques. Elle permet d'analyser les données d'exposition aux substances chimiques, d'estimer les paramètres des modèles TK (ToxicoKinétique) et de simuler des scénarios d'exposition pour évaluer les risques sanitaires. Utilisée principalement en recherche environnementale et toxicologique, elle facilite la modélisation des processus d'absorption, de distribution, de métabolisme et d'excrétion des substances dans l'organisme.

Meroom est un outil bioinformatique conçu pour reconstruire des modèles métaboliques à partir de références existantes et de liens d'orthologie. Il permet de générer plusieurs nouveaux modèles métaboliques en exploitant des données de réseaux métaboliques de référence et des correspondances d'orthologie entre organismes. L'outil facilite l'analyse comparative et la propagation de réactions enzymatiques entre espèces, aidant ainsi à la compréhension des voies métaboliques et à l'annotation fonctionnelle.