Ce projet propose des outils et pipelines pour extraire et ordonner des barcodes à partir de données de lectures liées (linked reads). Il permet de simuler des graphes moléculaires, de transformer des graphes de barcodes en graphes de cliques locales (LCP), et d'évaluer la qualité des chemins reconstruits pour retrouver l'ordre des molécules. Destiné à la recherche en bioinformatique, il facilite l'analyse de séquences génomiques complexes.

Ce projet fournit des outils logiciels (scripts bash et programmes Fortran) dédiés à l'analyse des modes normaux, principalement pour les biomolécules au format PDB. Il permet d'étudier les vibrations et les dynamiques structurelles des molécules, utile en biochimie et biologie structurale pour comprendre les propriétés mécaniques des macromolécules.

Ce projet permet d'analyser et de visualiser les sites d'hydratation internes des protéines à partir de simulations de dynamique moléculaire. Il génère des cartes de densité des molécules d'eau observées dans une protéine, offrant une compréhension approfondie de son comportement hydrique. Les résultats sont utiles pour la recherche en biologie structurale et en biochimie, notamment pour étudier les interactions protéine-solvant ou identifier des sites fonctionnels critiques.

Plugin pour le logiciel Icy dédié à l'analyse d'images biologiques. Il permet de traiter et d'extraire des séquences temporelles de trajectoires de particules ou d'objets biologiques, facilitant ainsi l'étude dynamique des phénomènes cellulaires ou moléculaires. Utilisé principalement en recherche biomédicale pour des applications comme le suivi de cellules ou de molécules.

NRGXL est un outil dédié à l'analyse et au calcul des conformations de crosslinkers, des molécules utilisées en biologie structurale pour étudier les interactions protéiques. Il permet de modéliser et d'adapter ces crosslinkers à différentes topologies, facilitant ainsi la compréhension des structures moléculaires et des interactions entre protéines.

Ce projet étudie les mécanismes structuraux impliqués dans le rejet de greffe en analysant les molécules HLA. Il propose une base de données centralisant des données publiques et générées par le projet, ainsi qu'une interface web pour visualiser en 3D les structures et simulations moléculaires de ces molécules. L'objectif est d'aider les chercheurs et cliniciens à mieux comprendre les interactions entre molécules HLA et leur impact sur les greffes.

Outil dédié à l'analyse et au mappage flexible d'identifiants de métabolites ou de lipides identifiés par métabolomique ou lipidomique vers des réseaux métaboliques. Basé sur l'ontologie ChEBI, il permet de faire correspondre des molécules précises à des descriptions plus génériques dans les réseaux, facilitant ainsi l'intégration et l'interprétation des données biologiques complexes.

Kekule.js est une bibliothèque JavaScript dédiée à la manipulation, la visualisation et l'analyse de structures chimiques. Elle permet aux chercheurs et développeurs de créer, éditer et convertir des molécules, des réactions et des données chimiques dans divers formats standards. L'outil facilite l'intégration de fonctionnalités chimiques avancées dans des applications web ou des environnements de recherche.

Application web Django gérant la base de données iPPI-DB, contenant des informations sur les interactions moléculaires. Permet la visualisation et l'analyse de données moléculaires, ainsi que la recherche de molécules d'intérêt.

Getwatchan est un outil logiciel conçu pour identifier et analyser les canaux d'eau dans les simulations moléculaires dynamiques explicites. Il permet aux chercheurs en biologie structurale ou en bioinformatique d'isoler et de visualiser les chemins potentiels empruntés par les molécules d'eau au sein de structures protéiques. L'outil génère des fichiers de sortie exploitables pour étudier la dynamique des canaux hydriques, essentiels à la compréhension des mécanismes de transport dans les macromolécules biologiques.