Ce projet vise à fournir des outils pour l'analyse, la comparaison et la construction de pangénomes bactériens. Il s'appuie sur des technologies telles que Snakemake et Singularity pour automatiser les workflows et faciliter le déploiement des outils.

Projet dédié à l'analyse et à la comparaison de génomes complets pour identifier des variations génétiques, des duplications ou des réarrangements. Il permet aux chercheurs en biologie et en génomique d'étudier les pangenomes, c'est-à-dire l'ensemble des gènes présents dans une espèce ou une population, afin de mieux comprendre leur diversité et leur évolution. Les outils développés facilitent l'identification de gènes d'intérêt, la reconstruction de pangenomes et l'analyse comparative à grande échelle.

Ce projet vise à organiser des hackathons dédiés à l'analyse des pangenomes, favorisant la collaboration entre chercheurs et développeurs. Il propose des ressources documentaires et des outils pour faciliter l'exploration des données génomiques. L'objectif est de stimuler l'innovation dans le domaine de la bioinformatique en mettant à disposition des contenus pédagogiques et des environnements de travail partagés.

Ce projet fournit une documentation technique et des ressources pratiques dédiées à l'analyse des pangenomes. Il s'adresse principalement aux chercheurs et professionnels en bioinformatique et génomique, en offrant des guides, des tutoriels et des outils pour faciliter l'étude des variations génomiques à grande échelle.

Panacus est un outil dédié à l'analyse statistique de fichiers GFA, principalement utilisés en génomique pour représenter des graphes de pangenomes. Il permet de calculer des histogrammes de couverture, des statistiques de croissance du pangénome et des tableaux de couverture résolus par groupe ou par chemin. Son utilisation est particulièrement adaptée aux graphes non chevauchants où les liens entre segments sont bien définis.

Ce projet permet de construire des pangénomes à partir de séquences génomiques de différentes espèces ou variétés. Il identifie les gènes conservés (core) et variables (accessoires) entre les échantillons analysés. Les résultats incluent des matrices de présence/absence de gènes et des visualisations graphiques pour faciliter l'interprétation des données génomiques complexes.

PanACoTA est un outil logiciel dédié à la génomique comparative bactérienne à grande échelle. Il permet d'analyser des ensembles de génomes complets ou partiels pour effectuer des contrôles qualité, annoter uniformément les génomes, construire des pangénomes, identifier les génomes core ou persistants, aligner les familles de gènes et inférer des arbres phylogénétiques. Destiné aux chercheurs en microbiologie, il facilite l'étude des relations évolutives et fonctionnelles entre souches bactériennes.

Pansel est un outil d'analyse de pangenomes permettant de détecter des régions sous sélection en comparant un haplotype de référence à un graphe de pangenome. Il découpe l'haplotype en segments de taille fixe et calcule le nombre de chemins dans le graphe pour chaque segment. Les segments ayant un nombre de chemins faible sont considérés comme étant sous sélection.

Pggb est un pipeline de construction de graphes pangénomiques qui transforme des collections de séquences génomiques en graphes de pangenome. Il permet de modéliser les variations génétiques entre individus, facilitant ainsi l'analyse comparative et la visualisation des données génomiques. Utilisé principalement en bioinformatique, il aide les chercheurs à comprendre les structures génomiques complexes et à identifier des variations pertinentes pour des applications médicales ou agronomiques.

GrAnnot est un outil dédié à l'annotation de graphes génomiques, permettant d'ajouter des annotations (gènes, éléments transposables) directement sur des graphes représentant des pangenomes. Il facilite le transfert d'annotations entre différents génomes et génère des matrices de présence/absence pour analyser la distribution des gènes au sein d'une espèce ou entre espèces apparentées. Utilisé principalement en génomique comparative, il aide les chercheurs à comprendre l'organisation et l'évolution des génomes.