Ce projet automatise la récupération, la transformation et l'intégration de données biochimiques issues de bases de données spécialisées (comme KEGG ou BRENDA). Il permet de convertir des fichiers de données métaboliques, enzymatiques ou réactionnelles entre différents formats (ODS, TXT, SBML) et d'enrichir des modèles de voies métaboliques avec des informations thermodynamiques et cinétiques. Les outils développés facilitent l'analyse des réactions biochimiques et l'étude des enzymes pour la recherche en biologie systémique.

Outil dédié à la représentation graphique de réseaux métaboliques, notamment les voies métaboliques. Il permet d'organiser et de dessiner des graphes bipartites composés de métabolites et de réactions, en tenant compte des réactions réversibles et des composés secondaires comme l'ATP ou l'eau. Le projet génère des positions optimisées pour les nœuds afin de faciliter la visualisation et l'analyse des interactions biochimiques.

Le projet bio583 est une application dédiée à l'analyse et à la simulation de données biologiques. Il permet aux chercheurs de rechercher des motifs dans les séquences ADN et de simuler des réactions biochimiques.

MetNetLib est une bibliothèque permettant la modélisation et l'analyse de réseaux métaboliques. Elle offre des fonctionnalités pour la simulation de réactions chimiques, la gestion de données de métabolomique et l'analyse de données biochimiques.

Ce projet fournit des modèles cellulaires spécifiques générés dans le cadre du projet GOLIATH. Il inclut des modèles pour les adipocytes, les hépatocytes et les cellules pancréatiques, ainsi qu'un modèle humain de base. Ces modèles, au format SBML, permettent d'étudier les réseaux métaboliques et d'analyser les réactions biochimiques à l'échelle cellulaire. Ils sont utilisés pour la recherche en biologie systémique et la simulation de processus biologiques.

Totoro est un outil d'analyse de réseaux métaboliques permettant l'optimisation de flux de réactions biochimiques et la simulation de variations de concentrations métaboliques. Il dépend de librairies externes telles que libxml++, CPLEX/Concert et Boost.Program_options.