Ce projet automatise la récupération, la transformation et l'intégration de données biochimiques issues de bases de données spécialisées (comme KEGG ou BRENDA). Il permet de convertir des fichiers de données métaboliques, enzymatiques ou réactionnelles entre différents formats (ODS, TXT, SBML) et d'enrichir des modèles de voies métaboliques avec des informations thermodynamiques et cinétiques. Les outils développés facilitent l'analyse des réactions biochimiques et l'étude des enzymes pour la recherche en biologie systémique.

Ce projet permet d'analyser et modéliser les flux métaboliques dans le cerveau humain en intégrant des données d'expression génique. Il combine des scripts Python pour effectuer des analyses de balance des flux (FBA) et calculer des fold-changes pour les réactions enzymatiques contrôlées par des gènes. Les outils développés facilitent la compréhension des mécanismes métaboliques cérébraux et leur lien avec l'expression génique.

Meroom est un outil bioinformatique conçu pour reconstruire des modèles métaboliques à partir de références existantes et de liens d'orthologie. Il permet de générer plusieurs nouveaux modèles métaboliques en exploitant des données de réseaux métaboliques de référence et des correspondances d'orthologie entre organismes. L'outil facilite l'analyse comparative et la propagation de réactions enzymatiques entre espèces, aidant ainsi à la compréhension des voies métaboliques et à l'annotation fonctionnelle.