MANA est un outil d'analyse et de modélisation dédié à l'identification assistée des mécanismes d'action métabolique. Il permet de construire des modèles de réseaux métaboliques spécifiques à partir de données d'expression génique, d'identifier les réactions métaboliques différentiellement activées, et d'extraire des sous-réseaux minimaux représentatifs des mécanismes d'action de composés chimiques. L'outil facilite la compréhension des effets métaboliques induits par des expositions chimiques.

Kg4j est une bibliothèque Java open source dédiée à la construction, l'édition et l'analyse de graphes de connaissances axés sur les données biomédicales. Elle permet de créer des réseaux sémantiques à partir de sources RDF comme FORVM et AOP-Wiki, en intégrant des concepts médicaux (MeSH), des composés chimiques (ChEBI, PubChem), des publications scientifiques et des données expérimentales. Les graphes générés peuvent être enrichis, analysés pour des propriétés topologiques ou temporelles, et exportés pour une utilisation dans des outils externes comme Neo4j ou Cytoscape.

Ce projet propose une analyse des réseaux structuraux de composés chimiques induits par la co-culture de micro-organismes. Il permet d'étudier les interactions entre espèces microbiennes et d'identifier de nouvelles molécules bioactives. Les données générées aident à la recherche en biotechnologie et à la découverte de composés d'intérêt thérapeutique ou industriel.