Le projet Gene Regulation Network a pour but de fournir des données et des outils pour l'analyse de réseaux de régulation génique. Il contient des ensembles de données d'entraînement, de développement et de test pour la tâche GRN du BioNLP-ST 2013.

Ce projet vise à rassembler des ressources et des outils utiles pour l'analyse de données de cellules simples. Il fournit des liens vers des bases de données telles que l'Atlas d'expression de cellules simples de l'EBI et PanglaoDB, ainsi que des outils d'analyse tels que Seurat, Monocle et SCENIC Suite. Ces outils permettent l'analyse, la visualisation et l'interprétation des données d'expression génique à l'échelle cellulaire unique, ainsi que l'inférence des réseaux de régulation des gènes et l'identification des sous-types cellulaires.

Ce projet consiste en une collection de notebooks Jupyter, de fichiers R et Python dédiés à l'analyse et à la visualisation des données d'un étude sur les neurones projetant dans le bulbe olfactif de la souris. Le référentiel contient des analyses transcriptomiques standard de neurones projetants, une inférence de réseaux de gènes régulateurs, une analyse de réseaux de gènes régulateurs et une simulation de données unicellulaires à partir de données de séquençage d'ARN en vrac.

PHINDaccess_FUNOMICs est un projet dédié à la formation dans le domaine de l'annotation et de l'analyse fonctionnelle de données génomiques et épigénomiques. Il propose des tutoriels pratiques couvrant divers aspects de l'analyse fonctionnelle, tels que l'annotation fonctionnelle à l'aide de Gene Ontology et Kegg, l'analyse fonctionnelle avec GSEA, GREAT et methylGSA, l'analyse de données OMICs et l'analyse de réseaux.

SnakeMETANA est un projet qui exécute le pipeline SMETANA sur une liste de communautés et de modèles SBML. Il a besoin d'un solveur tel que CPLEX ou gurobi pour fonctionner. Le projet permet l'optimisation de modèles biologiques, l'analyse de réseaux de gènes et la simulation de scénarios biologiques.

Ce projet vise à analyser et à comprendre la diversité et l'activité des communautés microbiennes marines à partir de l'étude de génomes bactériens et archéens. Il comprend la reconstruction de réseaux métaboliques, l'étude de la diversité et de l'activité des communautés, ainsi que la modélisation de l'impact des facteurs biotiques sur la structure de ces communautés.

Le projet atelier_inference_reseaux permet l'analyse et l'inférence de réseaux biologiques à partir de données génomiques. Il offre des fonctionnalités de visualisation et de comparaison de réseaux, ainsi que des outils pour faciliter l'interprétation des résultats.

Puck est un logiciel d'analyse de réseaux sociaux spécialisé dans le traitement de données généalogiques. Il permet de visualiser, d'explorer et d'analyser des réseaux sociaux à partir de données généalogiques, en proposant des fonctionnalités avancées de calcul de statistiques et de visualisation.

Outil de génération de visualisations pour explorer les données de la base Navigo, permettant de visualiser et analyser les réseaux de transports en commun, les flux de déplacements et la fréquentation des stations.

Bibliotools3.0 est un ensemble de scripts Python permettant l'analyse de réseaux de co-occurrences de références dans des publications scientifiques. Il permet de télécharger, merger, parser et filtrer des données bibliométriques au format WOS, puis de générer des graphes réseaux à partir de ces données.