Ce projet vise à rassembler des ressources et des outils utiles pour l'analyse de données de cellules simples. Il fournit des liens vers des bases de données telles que l'Atlas d'expression de cellules simples de l'EBI et PanglaoDB, ainsi que des outils d'analyse tels que Seurat, Monocle et SCENIC Suite. Ces outils permettent l'analyse, la visualisation et l'interprétation des données d'expression génique à l'échelle cellulaire unique, ainsi que l'inférence des réseaux de régulation des gènes et l'identification des sous-types cellulaires.

Le projet Gene Regulation Network a pour but de fournir des données et des outils pour l'analyse de réseaux de régulation génique. Il contient des ensembles de données d'entraînement, de développement et de test pour la tâche GRN du BioNLP-ST 2013.

Ce projet consiste en une collection de notebooks Jupyter, de fichiers R et Python dédiés à l'analyse et à la visualisation des données d'un étude sur les neurones projetant dans le bulbe olfactif de la souris. Le référentiel contient des analyses transcriptomiques standard de neurones projetants, une inférence de réseaux de gènes régulateurs, une analyse de réseaux de gènes régulateurs et une simulation de données unicellulaires à partir de données de séquençage d'ARN en vrac.

Le projet boolean-caspo-flux est une plateforme dédiée à l'analyse et la simulation de flux biologiques. Il permet l'intégration de données expérimentales et offre des fonctionnalités d'analyse de réseaux de régulation. Cet outil vise à aider les chercheurs dans l'interprétation et la compréhension des mécanismes de régulation des systèmes biologiques.

Sibelia est un outil en développement pour l'analyse de données biologiques, en particulier pour l'identification de motifs répétés dans les séquences d'ADN et la construction de réseaux de régulation génique. Il permettra aux chercheurs en biologie de mieux comprendre les mécanismes moléculaires à l'origine du fonctionnement des organismes vivants.