CHaMP est une application RShiny qui charge une liste de masses de composés à partir d'une analyse de twin-peaks et construit un réseau de différences de masse à partir duquel est extrait le composant connexe contenant une masse d'intérêt. Il fournit une visualisation de réseau de la sous-réseau qui englobe les réactions métaboliques et spontanées potentielles qui mènent aux produits de dégradation/métabolisation.

Ce projet vise à analyser la variabilité des voies métaboliques dans les réseaux métaboliques spécifiques aux contextes. Le script principal, main.py, contient un exemple d'analyse de variabilité de voies métaboliques utilisant le modèle Zebrafish1.

Ce projet vise à analyser et à comprendre la diversité et l'activité des communautés microbiennes marines à partir de l'étude de génomes bactériens et archéens. Il comprend la reconstruction de réseaux métaboliques, l'étude de la diversité et de l'activité des communautés, ainsi que la modélisation de l'impact des facteurs biotiques sur la structure de ces communautés.

Metage2metabo est un outil Python3 qui permet d'effectuer une analyse graphique basée sur la métabolomique à partir de génomes annotés. Il utilise Pathway Tools de manière automatique et parallèle pour reconstruire des réseaux métaboliques pour un grand nombre de génomes. Les réseaux métaboliques obtenus sont ensuite analysés individuellement et collectivement pour obtenir la valeur ajoutée de la coopération métabolique dans un microbiote par rapport à la métabolomique individuelle et pour identifier et filtrer les organismes intéressants parmi tous.

Ce projet est un site web dédié à la modélisation de réseaux métaboliques pour l'édition 2024. Il permet aux utilisateurs de simuler et d'analyser des scénarios métaboliques, ainsi que de visualiser des résultats expérimentaux. Il est basé sur Nuxt.js et utilise Vuetify pour l'interface utilisateur.

AuCoMe est un outil en ligne de commande permettant de reconstruire et de comparer des réseaux métaboliques à partir de données génomiques. Il utilise des outils tels que Pathway-Tools, Padmet et Orthofinder pour effectuer l'annotation et l'analyse des réseaux métaboliques.

MOMO est un logiciel dédié à l'optimisation de flux métaboliques dans des réseaux biologiques. Il permet d'analyser la robustesse de souches microbiennes et de prédire la production de composés d'intérêt dans des organismes vivants.

MetNetLib est une bibliothèque permettant la modélisation et l'analyse de réseaux métaboliques. Elle offre des fonctionnalités pour la simulation de réactions chimiques, la gestion de données de métabolomique et l'analyse de données biochimiques.

Precursor est un outil en ligne de commande permettant d'analyser des réseaux métaboliques au format SBML et de rechercher des métabolites initiaux possibles pour des cibles données au format XML.

GSAM est un outil qui effectue un mappage d'atomes à l'échelle du génome. Les résultats peuvent être exploités pour construire des réseaux de squelettes carbonés pour une analyse topologique de réseaux métaboliques à grande échelle (GSMN) et analyser les résultats de suivi des atomes.