Ce projet vise à analyser et à comprendre la diversité et l'activité des communautés microbiennes marines à partir de l'étude de génomes bactériens et archéens. Il comprend la reconstruction de réseaux métaboliques, l'étude de la diversité et de l'activité des communautés, ainsi que la modélisation de l'impact des facteurs biotiques sur la structure de ces communautés.

Projet dédié à l'analyse et à la modélisation des réseaux écologiques marins, notamment les interactions microbiennes. Il combine des outils de bioinformatique pour construire et valider des réseaux de co-occurrence à partir de données métagénomiques. Le package intègre des méthodes avancées comme FlashWeave pour identifier des relations entre espèces et un module de validation via la base de données Globi. Destiné aux chercheurs en écologie microbienne et biologie marine.

MOMO est un logiciel dédié à l'optimisation de flux métaboliques dans des réseaux biologiques. Il permet d'analyser la robustesse de souches microbiennes et de prédire la production de composés d'intérêt dans des organismes vivants.

Ce projet propose une analyse des réseaux structuraux de composés chimiques induits par la co-culture de micro-organismes. Il permet d'étudier les interactions entre espèces microbiennes et d'identifier de nouvelles molécules bioactives. Les données générées aident à la recherche en biotechnologie et à la découverte de composés d'intérêt thérapeutique ou industriel.

Outil dédié à l'annotation fonctionnelle des génomes microbiens et eucaryotes. Il permet d'identifier et de classifier les gènes, de prédire leurs fonctions et de reconstruire les réseaux métaboliques. Utilisé par les chercheurs en génomique et en biologie des systèmes pour accélérer l'analyse des données génomiques et faciliter la compréhension des mécanismes biologiques sous-jacents.

CoCoMiCo est un outil d'analyse des communautés microbiennes via leurs réseaux métaboliques à l'échelle génomique. Il calcule les potentialités de coopération et de compétition pour ces communautés.