PanACoTA est un outil logiciel dédié à la génomique comparative bactérienne à grande échelle. Il permet d'analyser des ensembles de génomes complets ou partiels pour effectuer des contrôles qualité, annoter uniformément les génomes, construire des pangénomes, identifier les génomes core ou persistants, aligner les familles de gènes et inférer des arbres phylogénétiques. Destiné aux chercheurs en microbiologie, il facilite l'étude des relations évolutives et fonctionnelles entre souches bactériennes.

GreenPhylDB est une base de données dédiée à la génomique comparative et fonctionnelle des plantes. Elle propose des catalogues de familles de gènes issus de prédictions génomiques couvrant un large spectre de plantes vertes. Les données sont annotées manuellement et analysées via des approches phylogénétiques pour prédire les relations homologues, facilitant ainsi les études évolutives et fonctionnelles visant à identifier des gènes candidats influençant des traits agronomiques chez les cultures.

Ce projet propose des matrices de données sur les interactions entre mammifères, destinées à des expériences scientifiques. Les fichiers téléchargeables contiennent des informations structurées pour analyser les relations entre espèces, utiles dans le cadre de recherches en écologie ou en biologie évolutive.

Phylanim est un outil dédié à l'analyse et à la visualisation de données phylogénétiques. Il permet aux chercheurs et biologistes de modéliser des scénarios évolutifs, comparer des séquences génétiques et générer des arbres évolutifs interactifs. L'application facilite l'exploration des relations entre espèces et la simulation de processus biologiques complexes.

Seaview est un logiciel dédié à l'analyse et à la visualisation de séquences biologiques. Il permet aux chercheurs et biologistes de manipuler des alignements multiples, de construire des arbres phylogénétiques et d'explorer les relations évolutives entre espèces. L'outil intègre des fonctionnalités avancées pour l'inférence phylogénétique et la comparaison de séquences, facilitant ainsi les études en génomique et en biologie évolutive.

Ce projet est un workflow Snakemake dédié à l'analyse phylogénétique de familles de gènes. Il permet de construire des profils HMM (Hidden Markov Models) à partir d'alignements de séquences protéiques, de rechercher ces profils dans des protéomes, et de reconstruire des arbres phylogénétiques pour étudier les relations évolutives entre espèces. Les résultats incluent des alignements multiples, des arbres phylogénétiques et des statistiques associées, facilitant la comparaison des génomes et l'identification de gènes d'intérêt.

GéoRetroNews est un projet de recherche qui analyse les archives de la presse écrite française du début du XXe siècle. Il extrait et étudie les mentions de villes dans les journaux pour cartographier les réseaux urbains, identifier les clusters de connexions entre villes et analyser l'évolution des relations géographiques. Les données sont visualisées sous forme de cartes interactives et de graphes, permettant de comprendre les dynamiques spatiales et démographiques de l'époque.

Outil dédié à la transformation de données génomiques en arbres phylogénétiques. Il permet aux chercheurs et biologistes de visualiser les relations évolutives entre différentes espèces ou séquences génétiques. En analysant les similarités et différences génétiques, il génère des représentations graphiques claires et exploitables pour des études comparatives ou des publications scientifiques.

Orthofinder2JSON-Graph est un outil spécialisé dans la conversion des résultats d'Orthofinder au format JSON, optimisé pour une visualisation sous forme de graphes. Il transforme les données d'orthologie en structures accessibles, facilitant ainsi l'interprétation des relations entre protéines et espèces. Ce projet s'adresse principalement aux chercheurs en bioinformatique et en biologie évolutive souhaitant analyser et visualiser des ensembles de gènes orthologues.

Le projet it_conso_espace a pour objectif de créer une application de datavisualisation des données relatives à la consommation d'espace dans les Pays de la Loire. Il vise à fournir une analyse territoriale approfondie pour aider à la prise de décision et au suivi de l'évolution de la consommation d'espace.