Le projet deep-sequoia est un outil d'analyse de données génétiques dédié à la recherche en bio-informatique. Il permet le traitement et l'interprétation de données massives issues de séquençage à haut débit.

Outil bioinformatique conçu pour identifier la liaison au sexe dans des données de séquençage haut débit issues de croisements contrôlés. Il permet aux chercheurs d'analyser les données génomiques des parents et de leur descendance afin de détecter des régions génétiques liées au sexe. Ce projet facilite les études en génétique et en biologie évolutive.

Ce projet vise à analyser et reconstruire les régions génomiques contenant les gènes de résistance NLR chez le melon (Cucumis melo) à l'aide du séquençage par échantillonnage adaptatif Nanopore. Il permet d'étudier la diversité allélique et l'architecture des clusters NLR chez 143 accessions de melon, facilitant ainsi les études d'association génétique et les programmes de sélection pour des cultivars plus résistants aux maladies.

Projet de recherche en génomique visant à étudier les hotspots de recombinaison indépendants du gène Prdm9 chez les mammifères placentaires. Il permet d'analyser des données génomiques (séquençage, cartes de déséquilibre de liaison) pour comparer des espèces et identifier des motifs évolutifs. Les résultats sont utilisés pour comprendre les mécanismes de recombinaison et leur impact sur la diversité génétique.

Outil dédié à l'analyse génomique utilisant des graphes de variations pour le génotypage et le mappage de données génétiques. Permet de représenter et manipuler des structures de données complexes issues de séquençage haut débit. Utilisé principalement en recherche biomédicale et en génétique des populations pour étudier les variations génétiques et leurs impacts.

Projet de stage axé sur l'analyse bioinformatique de données de séquençage haut débit (NGS) pour identifier des variants génétiques associés au syndrome du QT long. Le projet inclut le contrôle qualité des données, l'annotation fonctionnelle des variants, la détection de mutations de novo et mendéliennes, ainsi que l'analyse de variants structuraux (CNV). Les résultats sont visualisés et interprétés pour identifier des gènes candidats potentiellement impliqués dans la pathologie.

Le projet seascape_course_cloud est une plateforme d'analyse de données génomiques marines. Il permet aux utilisateurs de traiter et d'analyser des données de séquençage à haut débit pour détecter des structures populationnelles chez les organismes marins et construire des cartes génétiques pour l'étude des paysages.

Outil bioinformatique dédié à l'identification et à l'analyse des intégrons dans le génome des procaryotes. Il permet de traiter des données de séquençage (fichiers FASTQ) pour détecter des cassettes d'intégrons et générer des rapports détaillés incluant des figures et des statistiques. Utilisé principalement dans le cadre de recherches en microbiologie et génétique.

GAZODUC est un pipeline bioinformatique développé pour l'analyse de données génomiques, notamment utilisé à l'Institut du Thorax à Nantes. Il permet de traiter des séquences génomiques en utilisant des outils comme Nextflow pour automatiser des workflows complexes. Le projet facilite la gestion de données issues de séquençage haut débit et génère des résultats exploitables pour la recherche médicale et génétique.

Outil automatisé dédié à l'assemblage et à l'analyse de génomes viraux à partir de données de séquençage haut débit. Il permet de nettoyer les lectures, d'effectuer des assemblages en plusieurs rounds, d'appeler les variants génétiques et de générer des statistiques d'assemblage. Utilisé principalement dans le cadre de recherches virologiques et épidémiologiques.