Outil d'analyse bioinformatique permettant d'aligner des séquences biologiques (ADN, ARN, protéines) pour identifier leurs similarités. Il génère des graphiques et des fichiers de sortie pour visualiser les relations entre séquences, facilitant ainsi la comparaison de génomes ou de protéines. Idéal pour la recherche en biologie moléculaire ou en génomique.

Outil dédié à l'analyse et à la modélisation de séquences, notamment pour les données biologiques ou temporelles. Permet de calculer des alignements, des distances, des probabilités, et de générer des visualisations comme des graphiques ou des tableaux. Utilisé pour étudier des phénomènes répétitifs, des chaînes de Markov, ou des processus de renouvellement dans divers domaines scientifiques.

Outil dédié à l'analyse d'images biologiques permettant de corriger les décalages chromatiques et les dérives temporelles (translations et rotations) dans les séquences d'images. Basé sur la corrélation spectrale, il s'intègre comme un plugin au logiciel Icy, développé par l'unité d'analyse d'images biologiques de l'Institut Pasteur. Il facilite l'alignement précis des images pour des analyses reproductibles et fiables.

Ce pipeline automatisé permet d'analyser des données de séquençage RNAseq pour identifier les gènes exprimés de manière différentielle entre des échantillons biologiques. Il traite des données brutes issues de séquenceurs Illumina HiSeq, nettoie les séquences, aligne les lectures sur un génome de référence, compte les caractéristiques génomiques et détecte les gènes dont l'expression varie significativement. Utilisé principalement en recherche biomédicale et en génomique fonctionnelle.

Seaview est un logiciel dédié à l'analyse et à la visualisation de séquences biologiques. Il permet aux chercheurs et biologistes de manipuler des alignements multiples, de construire des arbres phylogénétiques et d'explorer les relations évolutives entre espèces. L'outil intègre des fonctionnalités avancées pour l'inférence phylogénétique et la comparaison de séquences, facilitant ainsi les études en génomique et en biologie évolutive.

Seqtk est un outil léger et rapide pour le traitement de séquences biologiques au format FASTA ou FASTQ. Il prend en charge la lecture des deux formats de fichiers, qui peuvent être compressés avec gzip. Il est utilisé dans l'analyse de données biologiques, telles que l'alignement de séquences, le filtrage de données, etc.

Outil bioinformatique conçu pour aligner des séquences génomiques ou nucléotidiques entre elles. Il permet de comparer des génomes, d'identifier des variations génétiques ou de reconstruire des transcrits. Utilisé en recherche génomique, il facilite l'analyse des données issues de séquençage haut débit, notamment pour des applications en génétique humaine, en écologie ou en biologie évolutive.

Ce projet fournit des outils pour manipuler, nettoyer et convertir des données d'alignement de séquences biologiques. Il permet aux chercheurs en génomique de préparer et d'analyser des données issues de séquençage, facilitant ainsi l'étude des génomes et l'identification de variations génétiques. Les fonctionnalités incluent la correction d'alignements, la vérification de la validité des données et la génération de formats compatibles avec des logiciels d'analyse standard.

Pipeline d'analyse pour le séquençage ARN (RNAseq) permettant d'identifier les gènes différentiellement exprimés entre des échantillons biologiques. Il traite des données brutes issues de séquençage Illumina HiSeq, nettoie les séquences, aligne les lectures sur un génome de référence, compte les gènes et réalise des annotations fonctionnelles via des bases de données comme GO et KEGG. Utilisé principalement en recherche biomédicale et en génomique fonctionnelle.

Phylogenomics est une application web dédiée à l'analyse et à la visualisation de données phylogénétiques. Elle permet aux utilisateurs de charger des alignements de séquences ou des arbres, puis d'exécuter des workflows pour inférer des arbres d'espèces ou des arbres de réconciliation. L'outil facilite l'exploration et l'interprétation des résultats biologiques.