Disseq est un projet dédié au calcul de distances entre séquences génétiques, notamment entre reads issus de séquençage NGS. Il permet de comparer des barcodes ADN ou des séquences génétiques pour des analyses environnementales ou taxonomiques. Les outils développés génèrent des matrices de distances exactes ou approchées, facilitant la classification et la clustering de données biologiques.

GAZODUC est un pipeline bioinformatique développé pour l'analyse de données génomiques, notamment utilisé à l'Institut du Thorax à Nantes. Il permet de traiter des séquences génomiques en utilisant des outils comme Nextflow pour automatiser des workflows complexes. Le projet facilite la gestion de données issues de séquençage haut débit et génère des résultats exploitables pour la recherche médicale et génétique.

Outil automatisé dédié à l'analyse de données génétiques pour identifier les loci associés à des traits complexes à partir de séquences Pool-Seq. Il permet de traiter des données de séquençage variées (PE, SE, SPET) et d'extraire des variants génétiques pertinents pour des études de cartographie génétique. Le pipeline génère des rapports détaillés et des visualisations pour faciliter l'interprétation des résultats.

Outil bioinformatique conçu pour aligner des séquences génomiques ou nucléotidiques entre elles. Il permet de comparer des génomes, d'identifier des variations génétiques ou de reconstruire des transcrits. Utilisé en recherche génomique, il facilite l'analyse des données issues de séquençage haut débit, notamment pour des applications en génétique humaine, en écologie ou en biologie évolutive.

Outil dédié à l'analyse et au contrôle qualité des séquences génétiques du SARS-CoV-2. Il permet d'identifier les positions critiques du virus pouvant impacter son épidémiologie, de détecter les variants préoccupants (VOC) et de valider les données de séquençage. Utilisé principalement dans le cadre de la surveillance des mutations du virus par des laboratoires et institutions de santé publique.

Pipeline d'analyse dédié au séquençage d'exomes, permettant de traiter des données de lecture génomique pour identifier et annoter des variants. Il automatise les étapes clés comme l'alignement des séquences, la détection de mutations et l'annotation fonctionnelle, facilitant ainsi l'interprétation des données génomiques pour des applications en recherche médicale ou en génétique clinique.

Ce projet automatise le traitement de fichiers génomiques en découpant des séquences FASTA et en exécutant des requêtes BLAST en parallèle. Il permet d'optimiser les analyses génomiques en réduisant le temps de calcul grâce à une parallélisation efficace sur des infrastructures de calcul haute performance comme SLURM. Destiné aux chercheurs et laboratoires en biologie moléculaire, il facilite l'exploration de grandes bases de données génétiques.

EasyFig 3 est un outil dédié à la visualisation graphique de régions génétiques annotées et à la comparaison de régions homologues. Il permet aux chercheurs et biologistes de générer des figures claires et personnalisables à partir de données génomiques (séquences FASTA ou GenBank). L'application facilite l'analyse visuelle des annotations, des similarités entre séquences et des caractéristiques génétiques, tout en offrant des options de personnalisation avancées pour répondre aux besoins spécifiques des publications scientifiques ou des présentations.

Ce projet propose des utilitaires pour analyser l'usage des codons dans les séquences génétiques. Il permet aux chercheurs en bioinformatique d'étudier les biais de codons, d'optimiser des séquences pour l'expression génique ou de comparer des profils de codons entre différentes espèces. Les outils développés facilitent l'analyse statistique et visuelle des données génomiques.

Ce projet permet d'aligner et comparer des séquences d'ADN, facilitant ainsi la recherche de similarités et l'analyse de variations génétiques. Il offre une interface interactive pour visualiser les résultats et optimiser les alignements.