Le projet bio583 est une application dédiée à l'analyse et à la simulation de données biologiques. Il permet aux chercheurs de rechercher des motifs dans les séquences ADN et de simuler des réactions biochimiques.

Met4j-flux est un module de la bibliothèque met4j dédié à l'analyse de flux métaboliques et à la simulation de réseaux biochimiques. Il permet d'optimiser les voies métaboliques et de calculer les flux de différentes espèces chimiques dans un réseau biochimique donné.

Ce projet permet d'analyser et de visualiser les sites d'hydratation internes des protéines à partir de simulations de dynamique moléculaire. Il génère des cartes de densité des molécules d'eau observées dans une protéine, offrant une compréhension approfondie de son comportement hydrique. Les résultats sont utiles pour la recherche en biologie structurale et en biochimie, notamment pour étudier les interactions protéine-solvant ou identifier des sites fonctionnels critiques.

MetNetLib est une bibliothèque permettant la modélisation et l'analyse de réseaux métaboliques. Elle offre des fonctionnalités pour la simulation de réactions chimiques, la gestion de données de métabolomique et l'analyse de données biochimiques.

Ce projet fournit des modèles cellulaires spécifiques générés dans le cadre du projet GOLIATH. Il inclut des modèles pour les adipocytes, les hépatocytes et les cellules pancréatiques, ainsi qu'un modèle humain de base. Ces modèles, au format SBML, permettent d'étudier les réseaux métaboliques et d'analyser les réactions biochimiques à l'échelle cellulaire. Ils sont utilisés pour la recherche en biologie systémique et la simulation de processus biologiques.

Totoro est un outil d'analyse de réseaux métaboliques permettant l'optimisation de flux de réactions biochimiques et la simulation de variations de concentrations métaboliques. Il dépend de librairies externes telles que libxml++, CPLEX/Concert et Boost.Program_options.

Ce projet propose des sessions pratiques pour la construction et la simulation de topologies moléculaires de méthanol en utilisant le champ de force OPLS-AA. Il s'adresse aux étudiants de master en chimie physique ou biochimie pour les initier à la dynamique moléculaire avec le logiciel GROMACS. Les utilisateurs peuvent exécuter des simulations et analyser les résultats via des notebooks Jupyter intégrés.

Ce projet permet d'étudier la reconnaissance d'une base uracile inversée dans l'ADN double brin par l'UDG. Il inclut des outils pour évaluer des conformations moléculaires, générer des résultats de docking, et reproduire des mesures expérimentales. Les données et scripts sont utilisés pour des simulations de dynamique moléculaire et des analyses structurales dans le cadre de recherches en biochimie.

Biocham est un outil de modélisation et de simulation de systèmes biochimiques. Il permet l'analyse de données expérimentales et la conception et l'optimisation de protocoles de synthèse.