Projet de recherche visant à analyser les mécanismes d'activation des récepteurs nicotiniques (a7)nAChR par des méthodes computationnelles innovantes. Il combine modélisation comparative, simulations de dynamique moléculaire et suivi des cavités protéiques pour identifier des sites allostériques pertinents. Les résultats incluent des modèles de transition entre états ouverts et fermés du canal ionique, ainsi qu'un criblage différentiel de modulateurs connus pour évaluer la validité des sites identifiés.

HLA-EpiCheck est un projet de recherche utilisant l'apprentissage automatique pour prédire les épitopes HLA sur des antigènes. Il analyse des structures 3D d'antigènes HLA en générant des descripteurs moléculaires à partir de simulations de dynamique moléculaire. Ces descripteurs permettent de modéliser et prédire des épitopes B-cell, facilitant ainsi la compréhension des interactions immunitaires et le développement de traitements personnalisés en immunologie.

Getwatchan est un outil open source dédié à l'analyse des trajectoires de simulations moléculaires explicites. Il permet d'identifier et d'isoler les canaux d'eau potentiels au sein de protéines à partir de données de dynamique moléculaire. L'outil génère des visualisations 3D des canaux détectés et facilite l'étude des propriétés structurales des protéines en solution. Il est particulièrement utile pour les chercheurs en biologie structurale et en bioinformatique.

Pizza.py est un ensemble d'outils open source conçu pour le pré-traitement, le post-traitement et l'analyse de données issues de simulations moléculaires, notamment compatibles avec le logiciel LAMMPS. Il permet de manipuler des fichiers d'entrée, de convertir des formats, de générer des visualisations et des animations, ainsi que d'extraire des informations pertinentes à partir des logs et snapshots de simulation. Développé initialement par Sandia National Laboratories, il reste un outil de référence pour les chercheurs et ingénieurs en dynamique moléculaire.

Ce projet permet d'analyser et de visualiser les sites d'hydratation internes des protéines à partir de simulations de dynamique moléculaire. Il génère des cartes de densité des molécules d'eau observées dans une protéine, offrant une compréhension approfondie de son comportement hydrique. Les résultats sont utiles pour la recherche en biologie structurale et en biochimie, notamment pour étudier les interactions protéine-solvant ou identifier des sites fonctionnels critiques.

Ce projet consiste en un conteneur Singularity avec PALM installé, ainsi que Conda2 pour fournir un environnement gcc 7.5. Il inclut également des bibliothèques Python spécifiques pour la dynamique moléculaire, telles que mpi4py, Cython, numpy, scipy, etc. Il permet de lancer des simulations de dynamique moléculaire, d'analyser les données résultantes et de gérer ces données.

Particles est un projet académique dédié à la simulation et à la visualisation de systèmes de particules en temps réel. Il permet aux étudiants et chercheurs de modéliser des phénomènes physiques complexes comme les fluides, les gaz ou les interactions moléculaires. L'outil offre une interface intuitive pour observer et analyser les comportements dynamiques des particules, facilitant ainsi l'apprentissage et l'expérimentation dans des domaines scientifiques variés.

Getwatchan est un outil logiciel conçu pour identifier et analyser les canaux d'eau dans les simulations moléculaires dynamiques explicites. Il permet aux chercheurs en biologie structurale ou en bioinformatique d'isoler et de visualiser les chemins potentiels empruntés par les molécules d'eau au sein de structures protéiques. L'outil génère des fichiers de sortie exploitables pour étudier la dynamique des canaux hydriques, essentiels à la compréhension des mécanismes de transport dans les macromolécules biologiques.

Ce projet propose des sessions pratiques pour la construction et la simulation de topologies moléculaires de méthanol en utilisant le champ de force OPLS-AA. Il s'adresse aux étudiants de master en chimie physique ou biochimie pour les initier à la dynamique moléculaire avec le logiciel GROMACS. Les utilisateurs peuvent exécuter des simulations et analyser les résultats via des notebooks Jupyter intégrés.

Ce projet permet d'étudier la reconnaissance d'une base uracile inversée dans l'ADN double brin par l'UDG. Il inclut des outils pour évaluer des conformations moléculaires, générer des résultats de docking, et reproduire des mesures expérimentales. Les données et scripts sont utilisés pour des simulations de dynamique moléculaire et des analyses structurales dans le cadre de recherches en biochimie.