Ce projet vise à analyser des séquences génomiques de micro-organismes à l'aide de méthodes de métabarcoding haute fidélité. Il permet d'identifier les taxons bactériens présents dans un échantillon et d'étudier la diversité microbienne. Le projet est basé sur l'utilisation de l'outil FROGS et de méthodes d'analyse statistique.

Outil en ligne de commande conçu pour analyser des fichiers GFF3 et leurs séquences associées au format FASTA. Il génère des statistiques détaillées sur les annotations génomiques, comme le contenu en GC, les sous-séquences ou les informations de positionnement. Utilisé principalement par des chercheurs en bioinformatique pour évaluer la qualité et les caractéristiques des données génomiques.

Ce projet propose des utilitaires pour analyser l'usage des codons dans les séquences génétiques. Il permet aux chercheurs en bioinformatique d'étudier les biais de codons, d'optimiser des séquences pour l'expression génique ou de comparer des profils de codons entre différentes espèces. Les outils développés facilitent l'analyse statistique et visuelle des données génomiques.

BAMUtils est une suite d'outils dédiée à l'analyse de données métagénomiques. Elle permet de filtrer des séquences génomiques à partir de fichiers BAM en fonction de critères de qualité et de couverture. Le projet génère également des statistiques précises sur la profondeur et l'étendue de la couverture des échantillons, essentielles pour des études génomiques ou métagénomiques.

Ce projet est un workflow Snakemake dédié à l'analyse phylogénétique de familles de gènes. Il permet de construire des profils HMM (Hidden Markov Models) à partir d'alignements de séquences protéiques, de rechercher ces profils dans des protéomes, et de reconstruire des arbres phylogénétiques pour étudier les relations évolutives entre espèces. Les résultats incluent des alignements multiples, des arbres phylogénétiques et des statistiques associées, facilitant la comparaison des génomes et l'identification de gènes d'intérêt.

FQreport est un outil en ligne de commande conçu pour analyser des fichiers FASTQ issus du séquençage haut débit. Il calcule et génère des statistiques descriptives essentielles comme le nombre de lectures et de bases, la distribution des longueurs de lectures, la fréquence des nucléotides par position, ainsi que les scores de qualité Phred et leurs quartiles. L'outil permet d'évaluer la qualité des données génomiques et d'identifier d'éventuelles erreurs de séquençage, facilitant ainsi l'interprétation des résultats pour les chercheurs en biologie moléculaire.

PhageTermVirome est un logiciel dédié à l'analyse des génomes de phages et des viromes. Il permet de déterminer les terminaisons génomiques et les modes d'encapsidation des phages à partir de données de séquençage. L'outil calcule des valeurs de couverture pour identifier les terminaisons cohésives, les répétitions terminales directes ou les modes d'encapsidation de type Mu. Il génère des rapports détaillés et des tableaux statistiques pour faciliter l'interprétation des résultats.

NanoComp est un outil bioinformatique conçu pour comparer les résultats de séquençage Oxford Nanopore et les alignements associés. Il permet aux chercheurs d'évaluer les performances de différents pipelines ou jeux de données, facilitant ainsi l'optimisation des analyses génomiques. L'outil génère des rapports visuels et statistiques pour aider à la prise de décision dans les projets de séquençage à haut débit.

Outil dédié à l'analyse de données de séquençage ARN à haut débit (RNA-seq) pour identifier les gènes dont l'expression est modifiée entre différentes conditions biologiques. Permet aux chercheurs en biologie computationnelle et en génomique de traiter des tableaux d'expression génique, de générer des visualisations statistiques et de produire des rapports automatisés pour faciliter l'interprétation des résultats expérimentaux.

Ce projet fournit des wrappers pour Snakemake, un outil d'automatisation des workflows bioinformatiques. Il facilite le traitement et l'analyse de données de séquençage haut débit en standardisant les pipelines. Les wrappers permettent d'intégrer facilement des étapes comme le mappage sur un génome, le comptage de lectures ou la génération de statistiques. Le tout est conçu pour être réutilisable et modulaire, améliorant ainsi la reproductibilité et l'efficacité des analyses génomiques.