Plugin pour le logiciel d'analyse d'images biologiques Icy, développé par l'unité d'analyse d'images biologiques de l'Institut Pasteur. Ce plugin permet de mesurer et analyser les statistiques de mouvement d'objets dans des séquences d'images 2D ou 3D, comme les trajectoires de particules ou de cellules. Il fournit des métriques clés telles que le déplacement minimal, maximal, moyen et total, ainsi que des profils de déplacement le long des axes spatiaux.

Plugin pour le logiciel d'analyse d'images biologiques Icy, conçu pour traiter et analyser les trajectoires d'objets dans des séquences d'images microscopiques. Il permet de détecter, comparer et visualiser des mouvements cellulaires ou moléculaires, facilitant ainsi l'étude des dynamiques biologiques. Utilisé principalement en recherche biomédicale et en biologie cellulaire.

Extension logicielle dédiée à la coloration automatique des pistes (trajectoires) dans le gestionnaire de pistes de l'outil Icy. Conçue pour les biologistes et chercheurs en imagerie médicale, elle facilite l'analyse visuelle des trajectoires cellulaires ou moléculaires en attribuant des couleurs distinctes selon des critères prédéfinis ou aléatoires. Intégrée à une suite d'outils open source pour l'analyse d'images biologiques, elle s'inscrit dans un écosystème académique et scientifique.

Projet dédié à la simulation et à l'analyse des mouvements de larves biologiques. Il permet de modéliser des trajectoires, d'optimiser des paramètres mécaniques et de reconstruire en 3D des structures musculaires et cuticulaires. Les outils développés facilitent la visualisation et la correction manuelle des données, ainsi que l'automatisation de simulations sur cluster pour des analyses à grande échelle.

Extension pour le logiciel Icy dédiée à l'analyse d'images bio-médicales. Elle permet de gérer, visualiser et analyser des trajectoires d'objets détectés dans des séquences d'images. Le plugin facilite le suivi de particules, la sélection temporelle ou par régions d'intérêt, et propose des outils pour calculer des graphiques de flux locaux ou polaires. Utilisé principalement en recherche biologique et médicale.

Outil dédié à l'interface et à la visualisation de données issues de l'analyse monocellulaire et des outils Cole Trapnell's Monocle. Permet aux chercheurs et biologistes d'explorer, comparer et interpréter des données d'expression génique à l'échelle cellulaire pour mieux comprendre les dynamiques biologiques et les trajectoires cellulaires.

Plugin pour le logiciel Icy dédié à l'analyse d'images biologiques. Il permet de traiter et d'extraire des séquences temporelles de trajectoires de particules ou d'objets biologiques, facilitant ainsi l'étude dynamique des phénomènes cellulaires ou moléculaires. Utilisé principalement en recherche biomédicale pour des applications comme le suivi de cellules ou de molécules.

Extension pour le logiciel Icy dédiée à l'analyse d'images biologiques. Permet de manipuler, visualiser et analyser des trajectoires de particules ou d'objets dans des séquences d'images. Offre des outils pour sélectionner, éditer et fusionner des trajectoires, ainsi que pour générer des représentations graphiques avancées comme des flux locaux ou des graphiques polaires.

Plugin pour le logiciel Icy dédié à l'analyse d'images biologiques. Il permet de traiter et d'analyser les trajectoires d'objets (comme des cellules ou des particules) dans des séquences d'images microscopiques. L'outil facilite l'extraction de régions d'intérêt (ROI) et l'application de filtres pour affiner les données avant leur analyse quantitative. Utilisé principalement en recherche biomédicale pour étudier les mouvements cellulaires ou moléculaires.

Getwatchan est un outil open source dédié à l'analyse des trajectoires de simulations moléculaires explicites. Il permet d'identifier et d'isoler les canaux d'eau potentiels au sein de protéines à partir de données de dynamique moléculaire. L'outil génère des visualisations 3D des canaux détectés et facilite l'étude des propriétés structurales des protéines en solution. Il est particulièrement utile pour les chercheurs en biologie structurale et en bioinformatique.