Bibliothèque Python dédiée à l'analyse des trajectoires cellulaires issues de méristèmes apicaux caulinaires (SAM). Permet aux chercheurs en biologie végétale d'étudier la dynamique de croissance des cellules pour mieux comprendre les mécanismes de développement des plantes. Facilite l'extraction et la visualisation de données complexes à partir d'images de tissus végétaux.

CLT est un pipeline Python dédié à l'analyse avancée de vidéos de microscopie à temps-lapse de cultures cellulaires 2D au niveau unicellulaire. Il permet d'étudier les réponses cellulaires hétérogènes face à des traitements comme l'irradiation, en suivant la prolifération, la motilité, les divisions cellulaires et les événements de mort cellulaire. Le logiciel génère des mesures interprétables comme la surface cellulaire, l'intensité de fluorescence ou les trajectoires, et produit des arbres de lignée pour analyser les comportements cellulaires.

Extension logicielle dédiée à la coloration automatique des pistes (trajectoires) dans le gestionnaire de pistes de l'outil Icy. Conçue pour les biologistes et chercheurs en imagerie médicale, elle facilite l'analyse visuelle des trajectoires cellulaires ou moléculaires en attribuant des couleurs distinctes selon des critères prédéfinis ou aléatoires. Intégrée à une suite d'outils open source pour l'analyse d'images biologiques, elle s'inscrit dans un écosystème académique et scientifique.

Plugin pour le logiciel Icy dédié à l'analyse d'images biologiques. Il permet de traiter et d'analyser les trajectoires d'objets (comme des cellules ou des particules) dans des séquences d'images microscopiques. L'outil facilite l'extraction de régions d'intérêt (ROI) et l'application de filtres pour affiner les données avant leur analyse quantitative. Utilisé principalement en recherche biomédicale pour étudier les mouvements cellulaires ou moléculaires.

Plugin pour le logiciel Icy dédié à l'analyse d'images biologiques. Il permet de traiter et d'extraire des séquences temporelles de trajectoires de particules ou d'objets biologiques, facilitant ainsi l'étude dynamique des phénomènes cellulaires ou moléculaires. Utilisé principalement en recherche biomédicale pour des applications comme le suivi de cellules ou de molécules.

Outil dédié à l'analyse et à la visualisation de données biologiques complexes, notamment pour l'étude des trajectoires cellulaires et des variations d'expression génique. Permet aux chercheurs de générer des graphiques interactifs et des visualisations statistiques pour faciliter l'interprétation des résultats expérimentaux.

PseudoTimeUI est une interface utilisateur dédiée à l'analyse et à la visualisation de données biologiques complexes, notamment pour l'étude des trajectoires cellulaires et des expressions géniques. Elle permet aux chercheurs de générer des graphiques interactifs et des visualisations avancées pour faciliter l'interprétation des résultats expérimentaux.

Plugin pour le logiciel d'analyse d'images biologiques Icy, conçu pour traiter et analyser les trajectoires d'objets dans des séquences d'images microscopiques. Il permet de détecter, comparer et visualiser des mouvements cellulaires ou moléculaires, facilitant ainsi l'étude des dynamiques biologiques. Utilisé principalement en recherche biomédicale et en biologie cellulaire.

Outil dédié à l'interface et à la visualisation de données issues de l'analyse monocellulaire et des outils Cole Trapnell's Monocle. Permet aux chercheurs et biologistes d'explorer, comparer et interpréter des données d'expression génique à l'échelle cellulaire pour mieux comprendre les dynamiques biologiques et les trajectoires cellulaires.

Ce projet permet d'analyser des trajectoires cellulaires à partir de données CyTOF, notamment pour étudier les mutations hématopoïétiques comme celles associées à la calréticuline dans les néoplasmes myéloprolifératifs. Il fournit des outils pour reproduire des résultats scientifiques et faciliter l'interprétation des données biologiques complexes.