Extension logicielle dédiée à l'analyse d'images biologiques, permettant de générer des vidéos de rotation à 360 degrés d'un volume 3D visualisé dans un logiciel de bioimagerie. Développée par l'unité d'analyse d'images biologiques de l'Institut Pasteur, elle s'intègre à Icy, une plateforme open source pour la recherche reproductible en imagerie cellulaire et moléculaire.

CGoGN est un ensemble de bibliothèques logicielles open source dédiées à la modélisation géométrique 3D et à la visualisation scientifique. Il propose des outils pour manipuler des maillages, des surfaces et des volumes, ainsi qu'une interface intégrée (SCHNApps) permettant de créer des applications personnalisées via un système de plugins. Destiné aux chercheurs, développeurs et industriels, il facilite la conception d'outils dédiés à l'analyse et à la simulation dans des domaines comme la géométrie algorithmique ou la visualisation de données complexes.

Extension pour le logiciel d'analyse d'images biologiques Icy, développée par l'unité d'analyse d'images biologiques de l'Institut Pasteur. Cet outil permet de générer une vidéo montrant une rotation à 360 degrés d'un volume 3D visualisé dans un visualiseur VTK. Il facilite la documentation visuelle et l'analyse dynamique de données biologiques ou médicales, notamment pour des publications scientifiques ou des présentations.

Extension dédiée à la création, l'édition et l'analyse de régions d'intérêt (ROI) en trois dimensions pour l'imagerie biologique. Elle permet aux chercheurs de manipuler des maillages polygonaux (surfaces) et polyédriques (volumes) pour segmenter, analyser et visualiser des structures biologiques complexes dans des images 3D. Intégrée à la plateforme Icy, elle facilite l'extraction de masques binaires et l'export de données pour des analyses quantitatives avancées.

CGoGN est une bibliothèque open source dédiée à la modélisation géométrique et topologique de surfaces et volumes. Elle permet de manipuler des maillages complexes, d'effectuer des opérations de subdivision, de simplification ou de déformation, et offre des outils pour la visualisation interactive. Utilisée dans la recherche académique et l'industrie, elle facilite la création et l'analyse de modèles 3D pour des applications variées comme la CAO, la simulation physique ou la visualisation de données scientifiques.

CGoGN est une bibliothèque open source dédiée à la modélisation géométrique et topologique de surfaces et volumes. Elle permet de manipuler des maillages 3D, d'effectuer des opérations de subdivision, de déformation et d'analyse topologique. Utilisée dans la recherche académique et l'industrie pour des applications en CAO, simulation physique et visualisation scientifique.

Outil dédié à l'analyse d'images confocal de plantes pour déterminer les limites en z des images 3D. Il permet de segmenter les structures biologiques, calculer les volumes cellulaires et générer des illustrations pour des publications scientifiques. Les scripts automatisent les étapes clés et produisent des résultats exploitables pour la recherche en biologie végétale.

Outil dédié à la visualisation et à l'analyse de données géospatiales en 3D. Permet d'explorer des volumes de données complexes, de naviguer dans des bases spatiales et d'interagir avec des segments de données pour des analyses approfondies. Utilisé principalement dans des contextes techniques ou scientifiques nécessitant une représentation visuelle avancée.

MetroloSPIM est un plugin pour le logiciel d'analyse d'images biologiques Icy, développé par l'unité d'analyse d'images biologiques de l'Institut Pasteur. Il permet aux chercheurs et biologistes de mesurer précisément des volumes, périmètres et profils de segments dans des images 3D, notamment pour des applications en microscopie et imagerie médicale. L'outil facilite l'évaluation quantitative de régions d'intérêt dans des échantillons biologiques.

Bibliothèque et outil open source dédié au traitement et à l'analyse d'images 3D issues de scanners à tomographie. Il permet de manipuler, transformer et analyser des volumes d'images médicales ou scientifiques avec des algorithmes parallélisés et optimisés. Le projet inclut également des outils pour distribuer les calculs sur des clusters, facilitant le traitement de grands jeux de données.