Extension logicielle dédiée à l'analyse d'images biologiques, permettant de générer des vidéos de rotation à 360 degrés d'un volume 3D visualisé dans un logiciel de bioimagerie. Développée par l'unité d'analyse d'images biologiques de l'Institut Pasteur, elle s'intègre à Icy, une plateforme open source pour la recherche reproductible en imagerie cellulaire et moléculaire.

Extension pour le logiciel d'analyse d'images biologiques Icy, développée par l'unité d'analyse d'images biologiques de l'Institut Pasteur. Cet outil permet de générer une vidéo montrant une rotation à 360 degrés d'un volume 3D visualisé dans un visualiseur VTK. Il facilite la documentation visuelle et l'analyse dynamique de données biologiques ou médicales, notamment pour des publications scientifiques ou des présentations.

MetroloSPIM est un plugin pour le logiciel d'analyse d'images biologiques Icy, développé par l'unité d'analyse d'images biologiques de l'Institut Pasteur. Il permet aux chercheurs et biologistes de mesurer précisément des volumes, périmètres et profils de segments dans des images 3D, notamment pour des applications en microscopie et imagerie médicale. L'outil facilite l'évaluation quantitative de régions d'intérêt dans des échantillons biologiques.

Outil dédié à l'analyse des réseaux métaboliques pour déterminer les niches métaboliques d'organismes biologiques. Il permet de calculer des volumes de niche, d'optimiser des flux métaboliques et d'extraire des données structurées à partir de modèles SBML. Utilisé principalement en bioinformatique et biologie systémique pour étudier les capacités métaboliques des cellules ou organismes.

Outil dédié à l'analyse d'images confocal de plantes pour déterminer les limites en z des images 3D. Il permet de segmenter les structures biologiques, calculer les volumes cellulaires et générer des illustrations pour des publications scientifiques. Les scripts automatisent les étapes clés et produisent des résultats exploitables pour la recherche en biologie végétale.

Librairie et suite logicielle dédiée à l'indexation et à l'analyse de k-mers (séquences courtes) issus de données de séquençage biologique haut débit. Elle permet de traiter de grands volumes de séquences génomiques en utilisant le protocole MPI pour une distribution efficace des calculs sur des clusters de machines. Les résultats peuvent être exploités pour des études génomiques, métagénomiques ou épidémiologiques.

Serratus-Palmfold est un projet open source dédié à l'analyse comparative de séquences génomiques à grande échelle. Il permet aux chercheurs en biologie et bioinformatique d'identifier des similarités entre génomes, de détecter des motifs fonctionnels et d'accélérer la découverte de gènes ou de régions d'intérêt. L'outil s'appuie sur des algorithmes avancés pour traiter des volumes massifs de données génomiques, facilitant ainsi la recherche fondamentale et appliquée en génomique.

Extension dédiée à la création, l'édition et l'analyse de régions d'intérêt (ROI) en trois dimensions pour l'imagerie biologique. Elle permet aux chercheurs de manipuler des maillages polygonaux (surfaces) et polyédriques (volumes) pour segmenter, analyser et visualiser des structures biologiques complexes dans des images 3D. Intégrée à la plateforme Icy, elle facilite l'extraction de masques binaires et l'export de données pour des analyses quantitatives avancées.

Ce projet automatise et optimise le traitement de données génomiques et biologiques à grande échelle. Il permet aux chercheurs de configurer et d'exécuter des pipelines bioinformatiques complexes de manière reproductible et efficace. Les workflows gèrent des volumes importants de données, facilitant l'analyse génomique, la détection de variants et la production de résultats exploitables pour la recherche médicale ou biologique.

Zellige est un outil logiciel dédié à l'extraction automatisée de surfaces multiples et variées à partir d'images 3D acquises par microscopie de fluorescence. Il permet de segmenter et projeter plusieurs surfaces d'intérêt dans un même volume, même en présence de textures, contrastes ou inclinaisons variables. Conçu pour les biologistes et chercheurs, il facilite l'analyse quantitative des tissus épithéliaux en générant des projections 2D précises à partir de données 3D complexes.