Coala est un outil d'inférence phylogénétique permettant l'analyse de données évolutives et la simulation de scénarios d'évolution. Il offre des fonctionnalités avancées pour la visualisation de données phylogénétiques et la détection d'événements évolutifs tels que les co-spécications, les duplications, les pertes et les transferts horizontaux.

Le projet eucalypt est un outil d'analyse et de visualisation de données phylogénétiques. Il permet de rechercher des solutions optimales pour la réconciliation d'arbres évolutifs, en prenant en compte les coûts de différents événements tels que les duplications, les pertes et les transferts horizontaux.

Omnicrobe Web est une application web permettant la gestion et l'analyse de données scientifiques sur les micro-organismes, offrant des fonctionnalités de recherche et de filtrage avancées ainsi que la visualisation d'arbres phylogénétiques.

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PRESTO est un outil de visualisation d'arbres phylogénétiques dédié à l'analyse de données génétiques dans le domaine de la biologie évolutive.