Deeptools est un outil permettant l'analyse et la visualisation de données génomiques. Il permet la détection de régions fonctionnelles dans le génome et l'intégration de données épigénomiques.

PHINDaccess_FUNOMICs est un projet dédié à la formation dans le domaine de l'annotation et de l'analyse fonctionnelle de données génomiques et épigénomiques. Il propose des tutoriels pratiques couvrant divers aspects de l'analyse fonctionnelle, tels que l'annotation fonctionnelle à l'aide de Gene Ontology et Kegg, l'analyse fonctionnelle avec GSEA, GREAT et methylGSA, l'analyse de données OMICs et l'analyse de réseaux.