Ce projet permet de reproduire et analyser les mécanismes d'adaptation du sorghum à partir de données génétiques et environnementales. Il s'appuie sur des méthodes statistiques avancées pour étudier les variétés de sorghum issues d'un croisement back-cross, en intégrant des données d'envirotypage. Les résultats contribuent à améliorer la compréhension des traits génétiques liés à la résistance et à la productivité des cultures.

BCFtools est un ensemble d'outils spécialisés dans la manipulation et l'analyse des variants génétiques stockés au format VCF (Variant Call Format) ou BCF (Binary Call Format). Il permet aux chercheurs et bioinformaticiens de traiter, filtrer, comparer et extraire des données génomiques pour des études variées, allant de la génétique humaine à l'écologie microbienne. Ce projet facilite l'interprétation des variations génétiques et contribue à des avancées en médecine personnalisée et en biologie évolutive.

EasyFig 3 est un outil dédié à la visualisation graphique de régions génétiques annotées et à la comparaison de régions homologues. Il permet aux chercheurs et biologistes de générer des figures claires et personnalisables à partir de données génomiques (séquences FASTA ou GenBank). L'application facilite l'analyse visuelle des annotations, des similarités entre séquences et des caractéristiques génétiques, tout en offrant des options de personnalisation avancées pour répondre aux besoins spécifiques des publications scientifiques ou des présentations.

Ce projet scientifique explore l'impact de la diversité génétique au sein de l'espèce Escherichia coli sur l'essentialité des gènes. Il utilise des techniques de génomique avancée pour analyser comment les variations génétiques influencent la survie et la fonction des gènes dans différentes souches bactériennes. Les résultats permettent de mieux comprendre l'évolution des bactéries et les mécanismes de résistance ou d'adaptation.

Projet dédié à l'analyse et au traitement de données génomiques, notamment l'extraction et l'interprétation de variants à partir de fichiers VCF. Utilisé pour des études génétiques avancées, comme l'analyse de la dyslexie ou d'autres troubles, en s'appuyant sur des pipelines bioinformatiques optimisés pour le calcul haute performance.

MBMA est un outil d'analyse de microbiotes basé sur la cartographie génétique. Il permet d'identifier et de quantifier avec précision les espèces, souches et gènes de résistance présents dans des échantillons métagénomiques. Grâce à une base de données optimisée et des méthodes avancées de comptage et d'appel de variants, MBMA réduit les faux positifs et améliore la sensibilité des analyses. Il propose trois modes de fonctionnement adaptés à différents besoins : cartographie simple, cartographie avec appel de variants, et modes prédéfinis pour les espèces bactériennes ou les gènes de résistance.

Outil dédié à l'exécution d'analyses statistiques avancées sur des données génétiques à grande échelle. Il permet de préparer les données, lancer des analyses complexes et parser les résultats pour en extraire des insights pertinents. Utilisé principalement dans le cadre de recherches génomiques, il facilite le traitement automatisé de jeux de données volumineux et leur interprétation.

Thaliadb est une plateforme dédiée à la gestion, l'analyse et la visualisation de données biologiques et génétiques. Elle permet aux chercheurs et scientifiques de stocker, organiser et exploiter des jeux de données complexes. L'outil facilite la collaboration entre équipes en offrant des fonctionnalités avancées d'analyse et de représentation graphique, tout en assurant la sécurité et l'intégrité des données.

Le projet cmpanalyzer est une plateforme dédiée à l'analyse et la comparaison de données génétiques et statistiques. Il offre des fonctionnalités avancées de traitement de données, de visualisation interactive et de reporting.

Le projet gattlab est une plateforme dédiée à l'analyse de données génomiques. Il permet la recherche de variations génétiques, le développement d'outils de bio-informatique et la gestion de workflows de génomique. Il offre des fonctionnalités avancées pour les chercheurs et professionnels du domaine de la génomique.