Outil automatisé dédié à l'analyse de données génétiques pour identifier les loci associés à des traits complexes à partir de séquences Pool-Seq. Il permet de traiter des données de séquençage variées (PE, SE, SPET) et d'extraire des variants génétiques pertinents pour des études de cartographie génétique. Le pipeline génère des rapports détaillés et des visualisations pour faciliter l'interprétation des résultats.

GAZODUC est un pipeline bioinformatique développé pour l'analyse de données génomiques, notamment utilisé à l'Institut du Thorax à Nantes. Il permet de traiter des séquences génomiques en utilisant des outils comme Nextflow pour automatiser des workflows complexes. Le projet facilite la gestion de données issues de séquençage haut débit et génère des résultats exploitables pour la recherche médicale et génétique.

Nf_column_reordering est un pipeline Nextflow conçu pour réorganiser et analyser des colonnes de données biologiques, notamment dans le cadre de séquences génétiques. Il permet d'automatiser des workflows complexes pour le traitement de données issues de recherches en biologie moléculaire, facilitant ainsi l'analyse et la visualisation des résultats. Développé à l'Institut Pasteur, il s'intègre dans des environnements de calcul intensif pour optimiser les processus de recherche.

Outil dédié à l'exécution d'analyses statistiques avancées sur des données génétiques à grande échelle. Il permet de préparer les données, lancer des analyses complexes et parser les résultats pour en extraire des insights pertinents. Utilisé principalement dans le cadre de recherches génomiques, il facilite le traitement automatisé de jeux de données volumineux et leur interprétation.

CAYSS est un outil dédié à l'analyse de données de cytométrie pour étudier la ségrégation des spores chez les levures. Il permet aux chercheurs en biologie cellulaire et génétique de traiter, visualiser et interpréter des données complexes issues d'expériences de cytométrie en flux. Le logiciel facilite l'identification de motifs biologiques et la génération de rapports pour des publications scientifiques.

Outil dédié à l'analyse et à la modélisation de données génétiques et écologiques. Permet aux chercheurs de traiter des jeux de données complexes, d'identifier des patterns biologiques et de produire des visualisations pour faciliter l'interprétation des résultats scientifiques.

GPGxE est un outil dédié à l'analyse et à la modélisation des interactions entre génétique et environnement. Il permet aux chercheurs et scientifiques de simuler des scénarios complexes, d'identifier des marqueurs génétiques pertinents et de prédire des phénotypes sous différentes conditions. Utilisé principalement en biologie quantitative et en génomique fonctionnelle, il facilite la compréhension des mécanismes sous-jacents aux traits complexes.

Méthode de burden testing basée sur SAIGE pour identifier des associations entre des groupes de variants génétiques et des phénotypes complexes. Permet d'analyser des données génomiques à grande échelle en utilisant des modèles mixtes généralisés pour détecter des effets cumulatifs de variants rares ou fréquents sur des traits quantitatifs ou binaires.

PanGeTools est une boîte à outils conteneurisée dédiée à l'analyse et au traitement des pangenomes. Il regroupe plusieurs logiciels spécialisés pour manipuler, visualiser et comparer des données génomiques complexes. Utilisé principalement par les chercheurs en bioinformatique, il facilite l'exploration des variations génétiques et l'optimisation des structures génomiques à grande échelle.