Ce projet scientifique explore l'impact de la diversité génétique au sein de l'espèce Escherichia coli sur l'essentialité des gènes. Il utilise des techniques de génomique avancée pour analyser comment les variations génétiques influencent la survie et la fonction des gènes dans différentes souches bactériennes. Les résultats permettent de mieux comprendre l'évolution des bactéries et les mécanismes de résistance ou d'adaptation.

Outil bioinformatique conçu pour identifier et traduire les cadres de lecture ouverts (ORF) dans des séquences nucléotidiques. Il permet de maximiser la traduction des régions non-stop d'un génome tout en minimisant le chevauchement des ORF. Utilisable sur tout type de génomes (bactéries, virus, eucaryotes), il facilite les analyses comparatives de séquences génétiques via des comparaisons de codons ou d'acides aminés.

Le package R 'sameStrain' est un outil dédié à l'analyse et à la simulation de données génétiques de bactéries. Il permet de calculer des statistiques sur les données, de simuler des événements de mutation et de recombinaison, et de visualiser les résultats grâce à des graphiques générés avec ggplot2.

Ce projet permet d'identifier les gènes essentiels d'Escherichia coli et les facteurs d'hôte des bactériophages grâce à des criblages CRISPR à l'échelle du génome. Il utilise une bibliothèque d'ARN guides ciblant aléatoirement le génome bactérien et analyse les changements d'abondance des guides par séquençage haut débit. Les résultats sont exploités pour comprendre les mécanismes de résistance aux phages et les fonctions génétiques critiques.

BPM est un logiciel spécialisé dans la recherche exacte de motifs génétiques dans l'ADN. Il permet d'indexer des milliers de motifs génétiques pour les retrouver rapidement dans des génomes complets. L'outil est optimisé pour traiter des génomes bactériens en moins d'une seconde, même avec des centaines de milliers de motifs à rechercher. Il est particulièrement utile pour l'analyse génomique, la détection d'allèles ou la comparaison de séquences.

Ce projet permet d'analyser et de comparer l'usage des codons génétiques entre différentes espèces bactériennes, notamment *Vibrio cholerae* et *Escherichia coli*. Il calcule les biais de codon, filtre les gènes, classe les gènes en clusters selon leurs biais, et extrait des listes de gènes pour des analyses approfondies. Les résultats sont utilisés pour étudier les préférences codoniques et leur impact sur l'expression génique.

MBMA est un outil d'analyse de microbiotes basé sur la cartographie génétique. Il permet d'identifier et de quantifier avec précision les espèces, souches et gènes de résistance présents dans des échantillons métagénomiques. Grâce à une base de données optimisée et des méthodes avancées de comptage et d'appel de variants, MBMA réduit les faux positifs et améliore la sensibilité des analyses. Il propose trois modes de fonctionnement adaptés à différents besoins : cartographie simple, cartographie avec appel de variants, et modes prédéfinis pour les espèces bactériennes ou les gènes de résistance.

Outil en ligne de commande dédié à l'analyse de données génomiques ou de matrices de distance. Il permet de réaliser des classifications basées sur les arbres de spanning minimum (MST), de calculer des distances entre profils, de générer des arbres hiérarchiques et des statistiques pour évaluer l'efficacité des clusters. Utilisé notamment pour étudier la diversité génétique de souches bactériennes comme Bordetella ou Corynebacterium.

Quast est un outil d'analyse de l'assemblage de génomes, permettant d'évaluer la qualité et la précision des assemblages, de détecter les variations génétiques et de comparer différentes souches bactériennes.