Serratus-Palmfold est un projet open source dédié à l'analyse comparative de séquences génomiques à grande échelle. Il permet aux chercheurs en biologie et bioinformatique d'identifier des similarités entre génomes, de détecter des motifs fonctionnels et d'accélérer la découverte de gènes ou de régions d'intérêt. L'outil s'appuie sur des algorithmes avancés pour traiter des volumes massifs de données génomiques, facilitant ainsi la recherche fondamentale et appliquée en génomique.

Ce projet fournit une documentation technique et des ressources pratiques dédiées à l'analyse des pangenomes. Il s'adresse principalement aux chercheurs et professionnels en bioinformatique et génomique, en offrant des guides, des tutoriels et des outils pour faciliter l'étude des variations génomiques à grande échelle.

Ce projet automatise et optimise le traitement de données génomiques et biologiques à grande échelle. Il permet aux chercheurs de configurer et d'exécuter des pipelines bioinformatiques complexes de manière reproductible et efficace. Les workflows gèrent des volumes importants de données, facilitant l'analyse génomique, la détection de variants et la production de résultats exploitables pour la recherche médicale ou biologique.

PanGeTools est une boîte à outils conteneurisée dédiée à l'analyse et au traitement des pangenomes. Il regroupe plusieurs logiciels spécialisés pour manipuler, visualiser et comparer des données génomiques complexes. Utilisé principalement par les chercheurs en bioinformatique, il facilite l'exploration des variations génétiques et l'optimisation des structures génomiques à grande échelle.

PanACoTA est un outil logiciel dédié à la génomique comparative bactérienne à grande échelle. Il permet d'analyser des ensembles de génomes complets ou partiels pour effectuer des contrôles qualité, annoter uniformément les génomes, construire des pangénomes, identifier les génomes core ou persistants, aligner les familles de gènes et inférer des arbres phylogénétiques. Destiné aux chercheurs en microbiologie, il facilite l'étude des relations évolutives et fonctionnelles entre souches bactériennes.

Projet dédié à l'analyse et à la comparaison de génomes complets pour identifier des variations génétiques, des duplications ou des réarrangements. Il permet aux chercheurs en biologie et en génomique d'étudier les pangenomes, c'est-à-dire l'ensemble des gènes présents dans une espèce ou une population, afin de mieux comprendre leur diversité et leur évolution. Les outils développés facilitent l'identification de gènes d'intérêt, la reconstruction de pangenomes et l'analyse comparative à grande échelle.

Outil dédié à l'exécution d'analyses statistiques avancées sur des données génétiques à grande échelle. Il permet de préparer les données, lancer des analyses complexes et parser les résultats pour en extraire des insights pertinents. Utilisé principalement dans le cadre de recherches génomiques, il facilite le traitement automatisé de jeux de données volumineux et leur interprétation.

Méthode de burden testing basée sur SAIGE pour identifier des associations entre des groupes de variants génétiques et des phénotypes complexes. Permet d'analyser des données génomiques à grande échelle en utilisant des modèles mixtes généralisés pour détecter des effets cumulatifs de variants rares ou fréquents sur des traits quantitatifs ou binaires.

Le projet scaff10x vise à fournir des outils pour le développement et la documentation de recherches en biologie. Il permet la génération de modèles 3D, l'analyse de données génomiques à grande échelle et l'intégration de données multi-omiques pour une meilleure compréhension des systèmes biologiques.

SeqKit est un outil bioinformatique multiplateforme et ultra-rapide conçu pour manipuler des fichiers de séquences biologiques au format FASTA ou FASTQ. Il permet d'effectuer des opérations courantes comme le filtrage, le tri, la conversion ou l'extraction de séquences, facilitant ainsi l'analyse et le traitement de données génomiques à grande échelle.