Ce projet est un workflow Snakemake dédié à l'analyse phylogénétique de familles de gènes. Il permet de construire des profils HMM (Hidden Markov Models) à partir d'alignements de séquences protéiques, de rechercher ces profils dans des protéomes, et de reconstruire des arbres phylogénétiques pour étudier les relations évolutives entre espèces. Les résultats incluent des alignements multiples, des arbres phylogénétiques et des statistiques associées, facilitant la comparaison des génomes et l'identification de gènes d'intérêt.

PanACoTA est un outil logiciel dédié à la génomique comparative bactérienne à grande échelle. Il permet d'analyser des ensembles de génomes complets ou partiels pour effectuer des contrôles qualité, annoter uniformément les génomes, construire des pangénomes, identifier les génomes core ou persistants, aligner les familles de gènes et inférer des arbres phylogénétiques. Destiné aux chercheurs en microbiologie, il facilite l'étude des relations évolutives et fonctionnelles entre souches bactériennes.

GreenPhylDB est une base de données dédiée à la génomique comparative et fonctionnelle des plantes. Elle propose des catalogues de familles de gènes issus de prédictions génomiques couvrant un large spectre de plantes vertes. Les données sont annotées manuellement et analysées via des approches phylogénétiques pour prédire les relations homologues, facilitant ainsi les études évolutives et fonctionnelles visant à identifier des gènes candidats influençant des traits agronomiques chez les cultures.