Cet algorithme public permet d'identifier les patients à risque vasculaire (diabète, hypertension) pour calculer des indicateurs de dépistage biologique de l'insuffisance rénale chronique (IRC). Il analyse les données du SNDS (DCIR) pour produire des statistiques sur les examens biologiques (créatinine, albuminurie) et les décliner par département, région, classe d'âge et sexe. Les résultats visent à améliorer la prise en charge des patients selon leur stade de MRC, en orientant vers des parcours de soins adaptés (primaires ou spécialisés).

Outil dédié à l'analyse de données de séquençage ARN à haut débit (RNA-seq) pour identifier les gènes dont l'expression est modifiée entre différentes conditions biologiques. Permet aux chercheurs en biologie computationnelle et en génomique de traiter des tableaux d'expression génique, de générer des visualisations statistiques et de produire des rapports automatisés pour faciliter l'interprétation des résultats expérimentaux.

ASTERICS est une plateforme open source dédiée à l'analyse statistique et à la visualisation de données biologiques et environnementales. Elle permet aux chercheurs et scientifiques de manipuler, analyser et interpréter des jeux de données complexes grâce à des outils interactifs et des méthodes statistiques avancées. L'application facilite la collaboration en ligne et offre des fonctionnalités pour gérer des projets de recherche, tout en garantissant une accessibilité et une réutilisation des données conformes aux licences ouvertes.

Librairie Python facilitant l'utilisation de DESeq2, un outil d'analyse différentielle pour les données de séquençage haut débit. Elle permet aux chercheurs en biologie moléculaire d'effectuer des analyses statistiques robustes sur des données d'expression génique, notamment pour comparer des conditions expérimentales et identifier des gènes différentiellement exprimés.

Environnements RStudio et Cytoscape dédiés à des ateliers de formation en bioinformatique (ETBII-2023). Ces outils permettent aux participants d'effectuer des analyses statistiques avancées, de visualiser des données biologiques complexes et d'explorer les réseaux moléculaires. Les ateliers couvrent des thématiques comme l'analyse multivariée, la génomique et l'écologie fonctionnelle.

Ce projet vise à introduire les approches computationnelles pour l'étude des systèmes biologiques. Grâce à des techniques expérimentales novatrices, le fonctionnement des systèmes biologiques peut désormais être exploré avec une précision quantitative au niveau du génome. Ce cours propose une introduction aux aspects bioinformatiques et statistiques de l'analyse de données biologiques à grande échelle (OMICs) et offre des exercices pratiques pour approfondir la compréhension de concepts clés par une expérience concrète sur des jeux de données choisis.

CoGSEA est un outil bioinformatique dédié à l'analyse comparative d'enrichissement de gènes. Il permet aux chercheurs en biologie moléculaire d'identifier et de comparer les voies biologiques significativement enrichies dans des jeux de données transcriptomiques. En intégrant des méthodes statistiques avancées, il facilite l'interprétation des résultats d'expériences RNA-seq ou microarray, aidant ainsi à comprendre les mécanismes biologiques sous-jacents à différents états cellulaires ou conditions expérimentales.

SingR est une application locale dédiée à l'analyse et à la visualisation de données de séquençage ARN simple cellule (scRNA-seq). Elle permet aux chercheurs d'explorer la composition des échantillons cellulaires, d'évaluer la qualité des données, de comparer l'expression génétique entre groupes, et d'identifier des voies biologiques enrichies. L'outil intègre des fonctionnalités de visualisation avancées (UMAP, t-SNE, PCA) et des tests statistiques pour faciliter l'interprétation des résultats biologiques.

DiCoExpress est un espace de travail développé en R destiné aux scientifiques, sans expertise en statistiques, mais connaissant R, pour l'analyse de jeux de données RNA-seq. DiCoExpress effectue des contrôles de qualité, propose des analyses de modèles linéaires généralisés (GLM) avec une écriture automatisée des contrastes, permettant à l'utilisateur de répondre à plusieurs questions biologiques. Enfin, DiCoExpress réalise une analyse de co-expression à l'aide de modèles de mélange.

FQreport est un outil en ligne de commande conçu pour analyser des fichiers FASTQ issus du séquençage haut débit. Il calcule et génère des statistiques descriptives essentielles comme le nombre de lectures et de bases, la distribution des longueurs de lectures, la fréquence des nucléotides par position, ainsi que les scores de qualité Phred et leurs quartiles. L'outil permet d'évaluer la qualité des données génomiques et d'identifier d'éventuelles erreurs de séquençage, facilitant ainsi l'interprétation des résultats pour les chercheurs en biologie moléculaire.