IntroClassJava est une collection de programmes Java générés à partir de codes C, conçue pour servir de banc d'essai pour les outils d'analyse et de réparation de code. Elle contient des programmes avec et sans bogues, permettant ainsi de tester les capacités de détection et de correction des outils.

FASTA2AGP est un programme en ligne de commande écrit en Java qui convertit des fichiers FASTA en fichiers AGP et contig. Il permet de simplifier l'analyse de données génomiques en automatisant cette étape de transformation.

Acoustic GUI est une interface graphique Java permettant de lancer un programme Python d'analyse acoustique de vidéos de poissons. Il permet de visualiser les données acoustiques et de suivre les populations de poissons.

REQ est un programme en ligne de commande écrit en Java qui évalue le taux d'élémentaires quartets (REQ) pour chaque branche interne d'un arbre phylogénétique non enraciné à partir d'une matrice de distances. Il est utilisé pour l'analyse de données biologiques et la reconstruction d'arbres phylogénétiques.