Pipeline d'analyse dédié au séquençage d'exomes, permettant de traiter des données de lecture génomique pour identifier et annoter des variants. Il automatise les étapes clés comme l'alignement des séquences, la détection de mutations et l'annotation fonctionnelle, facilitant ainsi l'interprétation des données génomiques pour des applications en recherche médicale ou en génétique clinique.

REPET-snakemake est une suite logicielle dédiée à l'identification, l'annotation et la classification des éléments transposables (transposons, rétrotransposons) dans les génomes eucaryotes. Elle permet aux chercheurs en génomique de détecter et caractériser les séquences répétées, essentielles pour comprendre l'évolution des génomes et leur impact sur la fonction des gènes. Les pipelines automatisés génèrent des rapports détaillés et des visualisations pour faciliter l'analyse des données génomiques.

EasyFig 3 est un outil dédié à la visualisation graphique de régions génétiques annotées et à la comparaison de régions homologues. Il permet aux chercheurs et biologistes de générer des figures claires et personnalisables à partir de données génomiques (séquences FASTA ou GenBank). L'application facilite l'analyse visuelle des annotations, des similarités entre séquences et des caractéristiques génétiques, tout en offrant des options de personnalisation avancées pour répondre aux besoins spécifiques des publications scientifiques ou des présentations.

Outil automatisé dédié à l'annotation fonctionnelle des génomes, permettant d'ajouter des informations biologiques pertinentes aux gènes prédits. Il facilite la vérification et l'amélioration de l'annotation structurale des génomes, notamment dans le cadre de projets de séquençage de novo. Le workflow utilise des bases de données de référence et des outils bioinformatiques pour attribuer des fonctions aux séquences génomiques.

FRUB est un outil en ligne de commande conçu pour identifier et analyser les régions répétées au sein de séquences génomiques, notamment dans les génomes de bactériophages. Il permet de détecter des séquences similaires en utilisant des algorithmes de comparaison de séquences comme BLAST, facilitant ainsi l'étude des structures génomiques répétitives et leur annotation fonctionnelle.

GenoFig est un outil dédié à la visualisation graphique de régions génomiques annotées et à la comparaison de régions homologues entre séquences génétiques. Il permet aux chercheurs et biologistes de générer des figures claires et personnalisables pour illustrer des données génomiques, facilitant ainsi l'analyse et la présentation des résultats scientifiques. L'application prend en charge les formats GenBank et FASTA, et offre des fonctionnalités avancées pour mettre en évidence des gènes ou des caractéristiques spécifiques.

Outil en ligne de commande conçu pour analyser des fichiers GFF3 et leurs séquences associées au format FASTA. Il génère des statistiques détaillées sur les annotations génomiques, comme le contenu en GC, les sous-séquences ou les informations de positionnement. Utilisé principalement par des chercheurs en bioinformatique pour évaluer la qualité et les caractéristiques des données génomiques.

Outil dédié à la visualisation et à l'analyse interactive de données génomiques directement dans un environnement Jupyter Notebook. Permet de superposer des annotations génomiques (comme des fichiers GFF) avec des séquences ADN (fichiers FASTA) pour créer des graphiques personnalisés et faciliter l'exploration des génomes.

Pipeline d'analyse pour le séquençage ARN (RNAseq) permettant d'identifier les gènes différentiellement exprimés entre des échantillons biologiques. Il traite des données brutes issues de séquençage Illumina HiSeq, nettoie les séquences, aligne les lectures sur un génome de référence, compte les gènes et réalise des annotations fonctionnelles via des bases de données comme GO et KEGG. Utilisé principalement en recherche biomédicale et en génomique fonctionnelle.

IsbpFinder est un script Perl dédié à la conception de marqueurs ISBP (Insertion Site Based Polymorphism) pour l'amplification de jonctions entre éléments transposables dans des génomes de plantes. Il permet la création de caractéristiques représentant des primers/amplicons couvrant la jonction entre deux éléments transposables, offrant ainsi une vue graphique des différents marqueurs conçus via un logiciel d'annotation de séquences tel qu'Artemis.