REPET-snakemake est une suite logicielle dédiée à l'identification, l'annotation et la classification des éléments transposables (transposons, rétrotransposons) dans les génomes eucaryotes. Elle permet aux chercheurs en génomique de détecter et caractériser les séquences répétées, essentielles pour comprendre l'évolution des génomes et leur impact sur la fonction des gènes. Les pipelines automatisés génèrent des rapports détaillés et des visualisations pour faciliter l'analyse des données génomiques.

FRUB est un outil en ligne de commande conçu pour identifier et analyser les régions répétées au sein de séquences génomiques, notamment dans les génomes de bactériophages. Il permet de détecter des séquences similaires en utilisant des algorithmes de comparaison de séquences comme BLAST, facilitant ainsi l'étude des structures génomiques répétitives et leur annotation fonctionnelle.

Outil dédié à la construction, l'annotation et la visualisation de graphes de séquences génomiques ou transcriptomiques. Permet aux chercheurs et biologistes de manipuler des données complexes sous forme de graphes, d'appliquer des filtres et des actions pour extraire des informations pertinentes, et de sauvegarder des états de visualisation pour une analyse collaborative ou répétée.

Le projet phyloskims fournit des scripts dockerisés pour l'assemblage et l'annotation de génomes skims par les projets PhyloAlps et PhyloNorway. Il comprend un assembleur dédié aux séquences hautement répétées et un annotateur dédié à la production de fichiers EMBL prêts à être soumis.