Outil permettant d'annoter des variantes à partir d'un fichier VCF en utilisant l'outil Ensembl's Predictor. Il est divisé en 3 étapes : le parsing manuel du VCF, l'extraction d'informations standard à l'aide de vcf2maf et l'annotation avec Ensembl's Predictor.

Outil académique permettant de générer et gérer des variantes logicielles à partir d'une ligne de produits (SPL). Il utilise des annotations pour isoler des fonctionnalités spécifiques et produit des versions adaptées de logiciels existants. Destiné aux chercheurs et étudiants en génie logiciel pour des études comparatives ou des benchmarks.

Outil d'analyse de variations génomiques permettant de localiser les positions de variants sur le génome, de vérifier leur présence sur des régions annotées et de déterminer la fonction protéique des gènes associés.

Projet de stage axé sur l'analyse bioinformatique de données de séquençage haut débit (NGS) pour identifier des variants génétiques associés au syndrome du QT long. Le projet inclut le contrôle qualité des données, l'annotation fonctionnelle des variants, la détection de mutations de novo et mendéliennes, ainsi que l'analyse de variants structuraux (CNV). Les résultats sont visualisés et interprétés pour identifier des gènes candidats potentiellement impliqués dans la pathologie.

VaryLaTeX est une solution basée sur la variabilité, la programmation par contraintes et les techniques d'apprentissage machine pour les documents écrits en LaTeX. Il permet aux utilisateurs d'annoter des fichiers sources LaTeX avec des informations de variabilité, telles que l'activation/désactivation de portions de texte, la modification de la taille des figures ou le réglage de l'espacement des lignes. Ensuite, une procédure entièrement automatisée apprend les contraintes entre les valeurs booléennes et numériques pour éviter les variantes de papier non acceptables, et enfin, les utilisateurs peuvent configurer davantage leurs papiers ou sélectionner une variante aléatoire qui respecte les contraintes, telles que les limites de pages.

Pipeline d'analyse dédié au séquençage d'exomes, permettant de traiter des données de lecture génomique pour identifier et annoter des variants. Il automatise les étapes clés comme l'alignement des séquences, la détection de mutations et l'annotation fonctionnelle, facilitant ainsi l'interprétation des données génomiques pour des applications en recherche médicale ou en génétique clinique.

Outil dédié à l'annotation et au filtrage de variants génétiques (SNV) issus de séquençage génomique complet, spécialement conçu pour les études familiales. Il facilite l'analyse des données génomiques en intégrant des informations spécifiques aux tissus cardiaques et aux populations européennes. Le projet permet d'identifier des variants rares partagés au sein d'une famille, en tenant compte des hypothèses de transmission génétique et des données de contrôle.

Jeu de données de référence conçu pour tester et améliorer les technologies de reconnaissance automatique de la parole et de diarisation de locuteurs. Il fournit des transcriptions et annotations de qualité pour évaluer la précision des systèmes dans des conditions variées, incluant des conversations naturelles et des scénarios synthétiques. Destiné aux chercheurs et développeurs travaillant sur l'intelligence artificielle appliquée au traitement de la parole.

Outil dédié à l'extraction et à l'analyse de données génomiques à partir de fichiers VCF. Il permet aux chercheurs et biologistes de traiter des données génétiques pour identifier des variants, des mutations ou des annotations spécifiques. Facilite la manipulation de grands jeux de données génomiques pour des études scientifiques ou médicales.

SmartSense Dataset est un projet open source dédié à la collecte, l'annotation et la mise à disposition de jeux de données pour l'intelligence artificielle, notamment en vision par ordinateur. Il vise à accélérer la recherche et le développement de modèles d'apprentissage automatique en fournissant des ressources structurées et variées, adaptées aux besoins des chercheurs et des ingénieurs.