PanACoTA est un outil logiciel dédié à la génomique comparative bactérienne à grande échelle. Il permet d'analyser des ensembles de génomes complets ou partiels pour effectuer des contrôles qualité, annoter uniformément les génomes, construire des pangénomes, identifier les génomes core ou persistants, aligner les familles de gènes et inférer des arbres phylogénétiques. Destiné aux chercheurs en microbiologie, il facilite l'étude des relations évolutives et fonctionnelles entre souches bactériennes.

Outil bioinformatique automatisé pour l'analyse de données de séquençage haut débit (CUT&Tag et DAP-Seq). Il permet d'identifier les régions génomiques liées à des protéines spécifiques, d'annoter ces régions, de comparer les profils d'expression entre échantillons et de visualiser les résultats dans des navigateurs génomiques comme IGV. Destiné principalement à la recherche en biologie végétale et génomique fonctionnelle.

GreenPhylDB est une base de données dédiée à la génomique comparative et fonctionnelle des plantes. Elle propose des catalogues de familles de gènes issus de prédictions génomiques couvrant un large spectre de plantes vertes. Les données sont annotées manuellement et analysées via des approches phylogénétiques pour prédire les relations homologues, facilitant ainsi les études évolutives et fonctionnelles visant à identifier des gènes candidats influençant des traits agronomiques chez les cultures.

Outil automatisé dédié à l'annotation fonctionnelle des génomes, permettant d'ajouter des informations biologiques pertinentes aux gènes prédits. Il facilite la vérification et l'amélioration de l'annotation structurale des génomes, notamment dans le cadre de projets de séquençage de novo. Le workflow utilise des bases de données de référence et des outils bioinformatiques pour attribuer des fonctions aux séquences génomiques.

Pipeline d'analyse RNAseq conçu pour identifier les gènes différentiellement exprimés à partir de données de séquençage Illumina HiSeq. Il nettoie les données, aligne les lectures sur un génome de référence, compte les caractéristiques génomiques et réalise des annotations fonctionnelles via des bases de données GO et KEGG. Destiné aux chercheurs en biologie moléculaire et génomique.

Pipeline d'analyse dédié au séquençage d'exomes, permettant de traiter des données de lecture génomique pour identifier et annoter des variants. Il automatise les étapes clés comme l'alignement des séquences, la détection de mutations et l'annotation fonctionnelle, facilitant ainsi l'interprétation des données génomiques pour des applications en recherche médicale ou en génétique clinique.

FRUB est un outil en ligne de commande conçu pour identifier et analyser les régions répétées au sein de séquences génomiques, notamment dans les génomes de bactériophages. Il permet de détecter des séquences similaires en utilisant des algorithmes de comparaison de séquences comme BLAST, facilitant ainsi l'étude des structures génomiques répétitives et leur annotation fonctionnelle.

Outil dédié à l'annotation fonctionnelle des génomes microbiens et eucaryotes. Il permet d'identifier et de classifier les gènes, de prédire leurs fonctions et de reconstruire les réseaux métaboliques. Utilisé par les chercheurs en génomique et en biologie des systèmes pour accélérer l'analyse des données génomiques et faciliter la compréhension des mécanismes biologiques sous-jacents.

PHINDaccess_FUNOMICs est un projet dédié à la formation dans le domaine de l'annotation et de l'analyse fonctionnelle de données génomiques et épigénomiques. Il propose des tutoriels pratiques couvrant divers aspects de l'analyse fonctionnelle, tels que l'annotation fonctionnelle à l'aide de Gene Ontology et Kegg, l'analyse fonctionnelle avec GSEA, GREAT et methylGSA, l'analyse de données OMICs et l'analyse de réseaux.

Ce projet se concentre sur l'analyse génomique de la souche *Lachancea thermotolerans* CBS 6340. Il fournit des données détaillées sur l'assemblage chromosomique, les annotations fonctionnelles (gènes, ARN, pseudogènes) et les éléments mobiles. Les informations sont issues de bases de données publiques spécialisées en biologie moléculaire, permettant des recherches approfondies sur la structure et la fonction du génome de cet organisme.