Le projet culebront_pipeline est dédié à l'assemblage et l'analyse de génomes à partir de lectures longues. Il offre des fonctionnalités d'analyse et de visualisation de données génomiques, permettant une meilleure compréhension des données et facilitant la prise de décision dans le domaine de la génomique.

Miniasm est un outil de reconstruction de génomes à partir de lectures longues, permettant l'assemblage de novo de séquences ADN. Il s'agit d'un logiciel open-source, souvent utilisé en combinaison avec minimap2 pour l'alignement de lectures longues. Cet outil est particulièrement adapté pour les projets de génomique, de biologie des systèmes et de recherche en génétique.

Canu est un logiciel de bioinformatique open-source utilisé pour l'assemblage de génomes à partir de données de séquençage à haut débit, en particulier pour les données de séquençage à longues lectures produites par des technologies telles que PacBio et Oxford Nanopore. Il s'agit d'une fourche du Celera Assembler, optimisé pour gérer les hauts niveaux de bruit associés à ces technologies.

Ce dépôt contient un pipeline d'assemblage et d'évaluation de génomes métagénomiques à partir de lectures longues, avec une focus sur les assembleurs hi-fi mais également avec un support pour les assembleurs lo-fi et hybrides. Ce pipeline a été utilisé pour étudier l'assemblage de systèmes écologiques complexes et leur évaluation.

PodiumASM est une pipeline Snakemake open-source, évolutive, modulable et traçable, conçue pour comparer plusieurs assemblages de génomes à longues lectures obtenus à partir de divers outils d'assemblage. Ce workflow permet de choisir le meilleur assemblage parmi toutes les possibilités.