Ce projet propose un workflow automatisé pour l'assemblage de génomes à partir de données de séquençage PacBio HiFi. Il permet de générer des assemblages haplotypiques complets, d'évaluer leur qualité et de produire des rapports détaillés. Les outils intégrés couvrent la préparation des données, l'assemblage, le contrôle qualité et la visualisation des résultats, adaptés aux besoins de la recherche génomique et de la bioinformatique.

Atelier pratique dédié à la formation des participants sur les méthodes d'assemblage de génomes complets. Les sessions couvrent les principes théoriques, les outils bioinformatiques et les pipelines d'assemblage, depuis le prétraitement des données jusqu'au polishing. Destiné aux chercheurs et étudiants en biologie, cet atelier combine théorie et exercices pratiques pour maîtriser les techniques modernes de génomique.

Outil bioinformatique spécialisé dans l'assemblage de novo de génomes à partir de lectures longues et bruitées. Conçu pour traiter rapidement des données génomiques complexes, il permet aux chercheurs et laboratoires d'obtenir des séquences génomiques complètes et précises. Idéal pour les projets de séquençage à haut débit nécessitant une reconstruction fiable des génomes.

Ce projet permet l'analyse de transcriptomes par assemblage de génomes, alignment de séquences sur un génome de référence et quantification des transcrits. Il utilise des outils tels que Hisat2, Stringtie et MultiQC pour fournir une analyse complète et détaillée.

PanTEannot est un outil bioinformatique conçu pour annoter de manière sérielle les éléments transposables (TE) dans plusieurs assemblages de génomes complets à partir d'une bibliothèque de référence commune. Il se concentre sur les séquences non dégénérées, comme les copies complètes de TE, pour étudier la variabilité récente entre individus. Les fichiers d'annotation générés (au format Gff3) peuvent ensuite être utilisés comme entrée pour d'autres outils d'analyse génomique.

Ce projet automatise l'indexation et le contrôle qualité des génomes et annotations génétiques. Il génère des index nécessaires aux outils d'analyse en aval, évalue la qualité des assemblages génomiques via des métriques comme la complétude (BUSCO) et la contiguïté (QUAST), et produit des rapports détaillés pour faciliter la comparaison et le suivi des données génomiques. Destiné aux chercheurs et institutions en biologie moléculaire.

BUSCO est un outil bioinformatique conçu pour évaluer la complétude des assemblages génomiques, des jeux de gènes ou des transcriptomes. Il utilise des orthologues conservés pour fournir une mesure quantitative de la qualité des données génomiques, aidant ainsi les chercheurs à identifier les lacunes dans leurs séquences et à améliorer la fiabilité de leurs analyses biologiques.