Ce projet académique développe des outils pour le traitement et l'analyse de données génomiques, notamment le filtrage de reads potentiellement issus du SARS-CoV-2 et l'assemblage de génomes viraux. Il propose deux méthodes d'assemblage : une approche naïve et une méthode tenant compte des fréquences des nucléotides. Les résultats sont générés sous forme de fichiers structurés pour une analyse ultérieure en bioinformatique.

Outil automatisé dédié à l'assemblage et à l'analyse de génomes viraux à partir de données de séquençage haut débit. Il permet de nettoyer les lectures, d'effectuer des assemblages en plusieurs rounds, d'appeler les variants génétiques et de générer des statistiques d'assemblage. Utilisé principalement dans le cadre de recherches virologiques et épidémiologiques.

Ce projet permet de traiter des données génomiques pour filtrer et assembler des séquences virales, notamment celles du SARS-CoV-2. Il automatise le filtrage des lectures génomiques et l'assemblage de génomes à partir de fichiers FASTQ et FASTA, facilitant ainsi l'analyse bioinformatique des données génomiques.