GAZODUC est un pipeline bioinformatique développé pour l'analyse de données génomiques, notamment utilisé à l'Institut du Thorax à Nantes. Il permet de traiter des séquences génomiques en utilisant des outils comme Nextflow pour automatiser des workflows complexes. Le projet facilite la gestion de données issues de séquençage haut débit et génère des résultats exploitables pour la recherche médicale et génétique.

Ce projet fournit un workflow automatisé pour préparer des génomes avant l'analyse de données de séquençage haut débit. Il standardise les données génomiques en générant des fichiers de configuration adaptés aux pipelines d'analyse bioinformatique. Le workflow permet d'intégrer des références génomiques spécifiques et de produire des structures de données compatibles avec les outils d'analyse en aval. Il est conçu pour être utilisé dans des environnements de recherche biomédicale, notamment dans des laboratoires spécialisés en génomique.

Ce projet fournit des wrappers pour Snakemake, un outil d'automatisation des workflows bioinformatiques. Il facilite le traitement et l'analyse de données de séquençage haut débit en standardisant les pipelines. Les wrappers permettent d'intégrer facilement des étapes comme le mappage sur un génome, le comptage de lectures ou la génération de statistiques. Le tout est conçu pour être réutilisable et modulaire, améliorant ainsi la reproductibilité et l'efficacité des analyses génomiques.

Bibliothèque partagée dédiée à la gestion de pipelines et de tâches pour l'analyse d'images biologiques. Elle permet d'automatiser des workflows scientifiques complexes, de suivre la progression des calculs et de gérer les dépendances entre tâches. Intégrée à des logiciels comme Icy, elle facilite la reproductibilité et l'efficacité des analyses bioinformatiques.

Ce projet fournit un exemple de workflow structuré selon les conventions de Snakemake, un outil dédié à l'automatisation de pipelines bioinformatiques. Il illustre comment organiser des règles de traitement, des environnements logiciels et des scripts pour créer des workflows reproductibles et modulaires. Idéal pour les chercheurs ou développeurs souhaitant standardiser leurs analyses.

Outil d'analyse bioinformatique dédié au traitement de données RNAseq. Il permet d'aligner des séquences d'ARN sur un génome de référence et de quantifier l'expression des gènes. Le pipeline automatise les étapes clés comme le prétraitement des données, l'alignement avec STAR et le comptage avec HTSeq-Count. Il génère des rapports détaillés pour évaluer la qualité des données et les résultats d'analyse.

Outil dédié à l'analyse et au traitement de données biologiques et génomiques. Permet aux chercheurs et biologistes de manipuler des fichiers de séquençage, automatiser des pipelines bioinformatiques et générer des rapports détaillés. Facilite l'interprétation des données génomiques pour des applications en recherche médicale ou agronomique.

Ce projet permet d'automatiser le traitement et l'analyse de données génomiques en mappant des séquences ADN sur un génome de référence. Il génère des résultats structurés pour comparer des jeux de données biologiques, facilitant ainsi la recherche en génomique et en bioinformatique. Les utilisateurs peuvent configurer des paramètres spécifiques pour adapter les analyses à leurs besoins.

Outil dédié à l'analyse et à la détection de virus à ARN, notamment les coronavirus, en utilisant des pipelines bioinformatiques automatisés. Il permet de traiter des séquences génomiques pour identifier des régions spécifiques et contribuer à la recherche virologique et épidémiologique.

Ce projet propose un tutoriel complet pour apprendre à utiliser Snakemake, un outil d'automatisation de workflows en bioinformatique. Il guide les utilisateurs pas à pas dans la création et l'exécution de pipelines reproductibles, depuis la configuration jusqu'à l'exécution des règles. Idéal pour les chercheurs et étudiants souhaitant optimiser leurs analyses de données biologiques.