Ce projet automatise l'extraction et la structuration des informations médicales contenues dans les Résumés des Caractéristiques du Produit (RCP) des médicaments. Il permet de transformer des fichiers HTML en données exploitables pour des analyses statistiques, des rapports ou des intégrations dans des pipelines de données. L'objectif est de faciliter l'accès et l'exploitation des données réglementaires des médicaments pour les professionnels de santé ou les organismes publics.

Ce projet automatise le traitement et la transformation de données médicales en utilisant le standard FHIR (Fast Healthcare Interoperability Resources). Il permet d'intégrer, normaliser et valider des données de santé issues de différentes sources pour les rendre exploitables dans des systèmes d'information médicaux. Le pipeline gère l'extraction, le nettoyage, le stockage et la mise à disposition des données via une API FHIR, facilitant ainsi l'interopérabilité entre systèmes de santé.

Ce pipeline automatisé permet d'analyser des données de séquençage RNAseq pour identifier les gènes exprimés de manière différentielle entre des échantillons biologiques. Il traite des données brutes issues de séquenceurs Illumina HiSeq, nettoie les séquences, aligne les lectures sur un génome de référence, compte les caractéristiques génomiques et détecte les gènes dont l'expression varie significativement. Utilisé principalement en recherche biomédicale et en génomique fonctionnelle.

Plateforme dédiée à l'inspection et au contrôle des établissements accueillant des personnes âgées ou handicapées. Elle permet de centraliser, historiser et analyser les données issues des inspections, tout en générant des rapports standardisés. La solution s'appuie sur des pipelines automatisées pour extraire, transformer et charger les données depuis des sources variées (bases de données, fichiers CSV, SFTP), puis les restituer sous forme de vues exploitables pour les autorités compétentes.

Pipeline d'analyse dédié au séquençage d'exomes, permettant de traiter des données de lecture génomique pour identifier et annoter des variants. Il automatise les étapes clés comme l'alignement des séquences, la détection de mutations et l'annotation fonctionnelle, facilitant ainsi l'interprétation des données génomiques pour des applications en recherche médicale ou en génétique clinique.

Outil dédié à la création automatisée de patches géospatiaux à partir de données vectorielles de points et de bâtiments. Il permet de générer des fichiers de sortie organisés par année, facilitant l'analyse urbaine ou la planification territoriale. Les utilisateurs peuvent spécifier des paramètres comme l'année de référence et les chemins d'accès aux données d'entrée.

Pipeline dédiée à la gestion et au traitement des données du projet ANAIS, spécifiquement pour l'étape Helios. Elle automatise l'extraction, la transformation et le chargement des données depuis des sources variées (bases de données, fichiers CSV) vers des vues SQL structurées. Les données sont historisées, analysées et exportées sous forme de fichiers CSV pour répondre aux besoins réglementaires et opérationnels des acteurs du secteur sanitaire et social.

GAZODUC est un pipeline bioinformatique développé pour l'analyse de données génomiques, notamment utilisé à l'Institut du Thorax à Nantes. Il permet de traiter des séquences génomiques en utilisant des outils comme Nextflow pour automatiser des workflows complexes. Le projet facilite la gestion de données issues de séquençage haut débit et génère des résultats exploitables pour la recherche médicale et génétique.

Projet dédié à la traduction et au regroupement de séquences nucléiques de la base de données RVDB. Il permet d'analyser et de structurer des données génomiques virales pour faciliter la recherche en virologie. Les outils développés automatisent des pipelines complexes pour traiter des versions successives de la base RVDB, en intégrant des métadonnées et des références taxonomiques.

MUPHOTEN est une pipeline dédiée à l'analyse automatisée d'images astronomiques issues de réseaux de télescopes hétérogènes. Elle permet de détecter et mesurer des objets célestes transitoires (supernovas, astéroïdes, etc.) en soustrayant des images de référence, en calibrant les magnitudes et en vérifiant la qualité des données. L'outil est utilisé par des astronomes pour surveiller des phénomènes variables dans l'univers et produire des données photométriques précises.