Le kit du débutant est un projet dédié à la segmentation d'images biologiques et à l'analyse de données cellulaires. Il fournit des instructions d'installation et d'utilisation de Cellpose, un outil de segmentation d'images, sur différentes plateformes (Windows, Linux) et interfaces (Fiji, QuPath). Le projet vise à automatiser le traitement d'images et à faciliter l'analyse de données cellulaires pour les débutants en bio-image informatique.

Outil dédié à l'analyse et à la visualisation de plaques multipuits issues de microscopes à haute contenance, comme ceux de la marque Opera. Ce plugin pour le logiciel Icy permet aux chercheurs en biologie d'importer, d'explorer et de traiter des images de plaques de culture cellulaire ou de microplaques. Il facilite l'interprétation des données de microscopie en offrant une interface interactive pour naviguer entre les puits et les champs d'observation, ainsi que des fonctionnalités de traitement automatisé pour des analyses à grande échelle.

Logiciel dédié au traitement et à l'analyse d'images issues de microscopes à haute résolution, notamment pour les expériences de cytométrie en masse. Il permet d'automatiser des étapes clés comme la soustraction de fond, la déconvolution 3D, l'alignement des cycles d'imagerie, la segmentation cellulaire et la génération de cartes de profondeur. Utilisé principalement en recherche biomédicale pour extraire des données quantitatives à partir d'images complexes.

Outil dédié à l'analyse automatisée d'images cellulaires pour la formation et la recherche en biologie. Permet de créer des pipelines de traitement d'images pour extraire des données quantitatives à partir d'images de microscopie. Utilisé dans le cadre d'une formation nationale en France.

Ce projet propose une formation pratique en analyse d'images biologiques pour les scientifiques du vivant. Il couvre les bases du traitement d'images microscopiques, la segmentation, la normalisation et l'extraction de caractéristiques cellulaires. Les participants apprennent à construire des pipelines d'analyse automatisés et à visualiser les résultats. Les supports pédagogiques incluent des notebooks Jupyter et des jeux de données issus du Human Protein Atlas.